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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ei8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the WWP2 HECT domain in complex with H308, a Helicon Polypeptide | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / complex / stapled peptide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein transport / extracellular transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of transporter activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / negative regulation of Notch signaling pathway / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / protein K63-linked ubiquitination ...negative regulation of protein transport / extracellular transport / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of transporter activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / negative regulation of Notch signaling pathway / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / protein K63-linked ubiquitination / RHOU GTPase cycle / transcription factor binding / protein autoubiquitination / ubiquitin ligase complex / regulation of membrane potential / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / protein modification process / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / protein ubiquitination / symbiont entry into host cell / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Li, K. / Tokareva, O.S. / Thomson, T.M. / Verdine, G.L. / McGee, J.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Recognition and reprogramming of E3 ubiquitin ligase surfaces by alpha-helical peptides. 著者: Tokareva, O.S. / Li, K. / Travaline, T.L. / Thomson, T.M. / Swiecicki, J.M. / Moussa, M. / Ramirez, J.D. / Litchman, S. / Verdine, G.L. / McGee, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ei8.cif.gz | 182.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ei8.ent.gz | 141.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ei8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8ei8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/8ei8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ehzC 8ei0C 8ei1C 8ei2C 8ei3C 8ei4C 8ei5C 8ei6C 8ei7C 8ei9C 8eiaC 8eibC 8eicC 4y07S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 44925.391 Da / 分子数: 1 / 断片: HECT domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WWP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00308, HECT-type E3 ubiquitin transferase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2073.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 6分子
#3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 化合物 | ChemComp-WHL / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→43.77 Å / Num. obs: 9862 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.248 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1564 / CC1/2: 0.814 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4Y07 解像度: 2.9→43.77 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.28 Å2 / Biso mean: 61.1609 Å2 / Biso min: 27.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→43.77 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -22.7921 Å / Origin y: -26.6122 Å / Origin z: 10.9467 Å
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精密化 TLSグループ |
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