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- PDB-8dh0: T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dh0
タイトルT7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs
要素
  • Non-template strand DNA
  • RNAリボ核酸
  • T7 RNA polymerase
  • Template strand DNA
キーワードTransferase/DNA/RNA / T7 RNA polymerase / elongation complex / unnatural base / Ds-Pa / synthetic DNA / transcription (転写 (生物学)) / Transferase-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / RNAポリメラーゼ / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
Model detailsT7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base pair, synthetic DNA
データ登録者Oh, J. / Wang, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102362 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of transcription recognition of a hydrophobic unnatural base pair by T7 RNA polymerase.
著者: Oh, J. / Kimoto, M. / Xu, H. / Chong, J. / Hirao, I. / Wang, D.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Template strand DNA
B: T7 RNA polymerase
C: RNA
E: Template strand DNA
F: T7 RNA polymerase
G: RNA
H: Non-template strand DNA
I: Template strand DNA
J: T7 RNA polymerase
K: RNA
M: Template strand DNA
N: T7 RNA polymerase
O: RNA
P: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)439,51118
ポリマ－439,14314
非ポリマー3684
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.707, 86.235, 201.220
Angle α, β, γ (deg.)89.910, 85.230, 69.500
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
Template strand DNA


分子量: 5616.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
T7 RNA polymerase / / DNA-directed RNA polymerase


分子量: 98984.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T7 (ファージ) / 参照: UniProt: P00573, ポリメラーゼ
#3: RNA鎖
RNA / リボ核酸


分子量: 3851.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 Non-template strand DNA


分子量: 2666.761 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→42.03 Å / Num. obs: 131648 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 84.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.66-2.73.75.7852420364560.2343.4036.7160.388.9
14.57-39.643.80.03532328510.9960.0210.04125.694.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
PHENIX1.19位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H38

1h38


解像度: 2.9→42.03 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 1783 1.68 %
Rwork0.2207 104268 -
obs0.2213 106051 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 279.82 Å2 / Biso mean: 101.1379 Å2 / Biso min: 29.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→42.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24142 2035 24 0 26201
Biso mean--84.19 --
残基数----3311
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.980.44491230.43447102722586
2.98-3.070.3541340.35287868800295
3.07-3.160.37051320.30577797792994
3.16-3.280.30311400.26498205834599
3.28-3.410.27881410.26068172831399
3.41-3.560.27071400.25168206834699
3.56-3.750.25981400.21888247838799
3.75-3.990.26851390.19718041818098
3.99-4.290.23531370.198077821497
4.29-4.730.22791400.17788214835499
4.73-5.410.2381400.19618213835399
5.41-6.810.26421380.23157991812997
6.81-42.030.23751390.19918135827498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.69170.27390.45631.92240.29080.95240.0371-0.6959-0.65130.2961-0.0107-0.25110.33050.0294-0.01810.6331-0.03190.12330.88260.15560.802833.301157.50398.5994
22.23260.0547-0.05241.3599-0.19290.7635-0.061-0.5210.1516-0.0423-0.1106-0.0114-0.1185-0.00830.16630.47260.0274-0.00110.4735-0.14120.449936.82582.3827-6.2087
37.1538-4.2530.92342.8309-1.49344.93060.2762-1.1498-0.4902-0.7063-0.388-0.92751.16391.93670.22790.80980.23270.06891.15850.03630.731737.556464.3721-2.393
44.1245-0.9178-0.16614.6344-0.15390.0189-0.6808-0.11480.22780.64340.4365-0.03710.307-0.21450.23893.0835-0.21740.36712.1732-0.20952.070664.078376.6748-0.4559
53.6845-0.12030.25293.41270.28513.55080.3988-0.4381.2745-0.30030.18411.87270.1993-0.7633-0.49450.8309-0.2297-0.16930.75420.16021.14791.487223.1185-92.8692
65.9922-1.86231.06611.2125-0.77321.4274-0.2067-0.55051.25040.21360.148-0.0949-0.22180.12860.19790.7215-0.18460.05670.6705-0.15511.025528.436737.3861-96.1339
72.750.5123-0.59630.45720.02451.81590.04910.03431.3340.1670.09470.4304-0.5503-0.6376-0.16220.82770.16490.02920.7164-0.051.5174-9.19247.5775-96.0641
83.0114-0.2208-0.0412.38510.15433.1790.2671-0.0493-0.1878-0.3436-0.14380.08570.44750.1326-0.1230.8039-0.0387-0.08090.5709-0.04890.402822.093413.4003-100.4699
93.6745-0.2656-0.00131.98930.29061.96050.2983-0.6867-0.4288-0.247-0.10770.64830.4341-0.5275-0.18010.9568-0.2055-0.18520.80940.10970.71931.70956.89-85.1404
106.7176-4.50412.14925.1678-3.96963.65030.7602-0.47660.247-0.5381-0.70161.71530.6796-0.8942-0.02091.09110.0071-0.14590.6718-0.24151.12644.666522.3826-98.4087
116.6222-2.5758-0.89035.77190.41193.3759-0.48040.1571-1.04090.52810.07011.9042-0.2758-0.40990.23611.16980.02570.05350.9991-0.14241.03084.858511.242553.0713
123.13950.6969-0.61491.5546-1.05242.29250.08110.6286-0.2819-0.06620.48020.48520.5782-0.857-0.46151.1988-0.0219-0.19551.14650.09870.98224.6268-12.92157.1876
132.19190.06861.11170.83810.30462.24970.03510.37270.206-0.0217-0.18010.091-0.26510.28710.13530.93570.0322-0.07970.8927-0.05840.497622.767417.393749.0679
145.541-0.1107-1.9556.9003-2.48155.0121-0.0950.0125-0.03670.10130.03222.2385-0.4558-0.42110.04471.17690.1379-0.0181.419-0.31990.9813.24888.439258.4707
153.73521.2467-1.12945.4803-3.21012.0228-0.38680.37880.12060.3111-0.43570.28320.9374-0.79480.74223.10640.10370.52772.3139-0.47732.158-7.193225.453444.8782
161.83211.4730.3271.24760.15813.58810.19120.57470.4037-0.4005-0.3756-0.68660.37831.34960.09310.4760.09590.10310.82740.17310.769432.091837.5229-44.6243
171.36460.26550.09530.0319-0.1241.17660.13121.45340.8152-0.0928-0.1584-0.1415-0.09890.411-0.00280.53210.06230.11321.11580.48060.997135.463254.4399-57.3216
181.9013-0.26060.20021.0544-0.18741.1830.0870.2417-0.00940.0329-0.0866-0.08930.21450.05930.01440.3648-0.05460.02190.34780.02180.419418.188331.0598-35.3973
196.76883.96460.33786.2413-0.35981.75330.35321.21370.2887-0.4893-0.2617-0.98980.22621.1311-0.10170.40660.01960.07180.79950.12850.702627.767243.3141-40.1877
201.4505-1.935-0.41872.74570.89152.3710.0901-0.7375-0.6444-0.2358-0.2822-1.01120.20521.62140.20610.75740.08430.12061.34110.16461.043848.709167.39520.6892
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 1 through 407 )F1 - 407
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 408 through 883 )F408 - 883
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resid 1 through 8 )G1 - 8
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 2 through 7 )H2 - 7
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'I' and (resid 7 through 18 )I7 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'J' and (resid 2 through 60 )J2 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'J' and (resid 61 through 263 )J61 - 263
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'J' and (resid 264 through 527 )J264 - 527
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'J' and (resid 528 through 883 )J528 - 883
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'K' and (resid 1 through 8 )K1 - 8
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'M' and (resid 5 through 18 )M5 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'N' and (resid 1 through 264 )N1 - 264
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'N' and (resid 265 through 883 )N265 - 883
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'O' and (resid 1 through 8 )O1 - 8
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'P' and (resid 2 through 6 )P2 - 6
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 6 through 18 )A6 - 18
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 1 through 313 )B1 - 313
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 314 through 883 )B314 - 883
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1 through 8 )C1 - 8
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 4 through 18 )E4 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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