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- PDB-8dh4: T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-DsTP pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dh4
タイトルT7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-DsTP pair
要素
  • Non-template strand DNA
  • RNAリボ核酸
  • T7 RNA polymerase
  • Template strand DNA
キーワードTransferase/DNA/RNA / T7 RNA polymerase / elongation complex / unnatural base / Ds-Pa / synthetic DNA / transcription (転写 (生物学)) / Transferase-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / RNAポリメラーゼ / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-S96 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
Model detailsT7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base pair, synthetic DNA
データ登録者Oh, J. / Wang, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102362 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis of transcription recognition of a hydrophobic unnatural base pair by T7 RNA polymerase.
著者: Oh, J. / Kimoto, M. / Xu, H. / Chong, J. / Hirao, I. / Wang, D.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: T7 RNA polymerase
A: Template strand DNA
C: RNA
D: Non-template strand DNA
E: T7 RNA polymerase
F: Template strand DNA
G: RNA
H: Non-template strand DNA
I: T7 RNA polymerase
J: Template strand DNA
K: RNA
L: Non-template strand DNA
M: T7 RNA polymerase
N: Template strand DNA
O: RNA
P: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,24720
ポリマ－444,05216
非ポリマー1,1954
水0
1
B: T7 RNA polymerase
A: Template strand DNA
C: RNA
D: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,6116
ポリマ－111,0134
非ポリマー5982
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: T7 RNA polymerase
F: Template strand DNA
G: RNA
H: Non-template strand DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,6116
ポリマ－111,0134
非ポリマー5982
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: T7 RNA polymerase
J: Template strand DNA
K: RNA
L: Non-template strand DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0134
ポリマ－111,0134
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: T7 RNA polymerase
N: Template strand DNA
O: RNA
P: Non-template strand DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,0134
ポリマ－111,0134
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.779, 86.230, 201.463
Angle α, β, γ (deg.)89.850, 85.390, 69.590
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 AFJNDHLP

#2: DNA鎖
Template strand DNA


分子量: 5510.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖
Non-template strand DNA


分子量: 2666.761 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 8分子 BEIMCGKO

#1: タンパク質
T7 RNA polymerase / / DNA-directed RNA polymerase


分子量: 98984.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage T7 (ファージ) / 参照: UniProt: P00573, ポリメラーゼ
#3: RNA鎖
RNA / リボ核酸


分子量: 3851.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-S96 / (7P)-3-{5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-7-(thiophen-2-yl)-3H-imidazo[4,5-b]pyridine


分子量: 573.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18N3O13P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 % / Mosaicity: 0.19 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.84 Å / Num. obs: 125883 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 82.06 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 481832 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.75-2.83.92.2392458762840.2531.312.5950.697.8
15.06-48.843.70.03725036680.9730.0240.0442985.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX1.19位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DH0

8dh0


解像度: 2.8→43.2 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2745 1905 1.6 %
Rwork0.2328 117218 -
obs0.2334 119123 97.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 328.61 Å2 / Biso mean: 116.8149 Å2 / Biso min: 32.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→43.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25963 2411 72 0 28446
Biso mean--111.28 --
残基数----3432
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.870.48031520.45138332848498
2.87-2.950.41151220.38558402852498
2.95-3.030.36571390.33288407854698
3.03-3.130.35641500.30398357850798
3.13-3.240.34221350.30358399853498
3.24-3.370.34471210.30658404852598
3.37-3.530.33761440.25718400854498
3.53-3.710.30931300.23328442857298
3.71-3.950.30121450.2328459860498
3.95-4.250.24451290.21978371850098
4.25-4.680.2511360.19598408854498
4.68-5.350.23621340.20228376851098
5.35-6.740.24411370.22928326846397
6.74-43.20.22081310.18918135826695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89680.3129-0.03420.0411-0.11991.03190.16351.13460.5345-0.0738-0.1477-0.1437-0.09060.2061-0.00390.6090.07310.0731.07320.43680.919933.057954.1132-56.4302
21.9768-0.27170.3541.0992-0.3111.19260.14820.3071-0.07610.0076-0.1379-0.16490.22110.0827-0.02330.3296-0.02290.02010.47020.03720.347218.712931.5067-34.7474
32.48351.99030.63591.62990.5814.22880.2350.3981-0.0333-0.5550.0165-1.73290.43481.3645-0.73270.4758-0.00020.11851.22050.18771.106533.931136.3091-45.2111
44.24685.611-2.71998.4292-2.41993.17950.41131.65990.528-0.68490.1175-0.50220.54960.4442-0.29160.5036-0.02040.04421.02920.21140.532927.27144.2334-41.3173
55.10680.96121.98727.5579-0.09411.55260.55040.7963-0.0708-1.7619-0.0514-1.3940.5634-0.1435-0.4993.2890.1965-0.21062.709-0.03942.68942.168820.5084-45.9494
62.26260.2880.68962.01270.05551.47750.0779-0.7751-0.80790.2095-0.0469-0.65170.43760.0736-0.08040.67870.03710.10171.02510.22970.991535.970755.81448.7629
72.59310.23080.02411.3951-0.04230.8616-0.0372-0.65860.0848-0.0112-0.1337-0.0486-0.1199-0.0970.15770.45950.063-0.01520.5867-0.10810.394836.159982.641-5.6354
80.1341-0.5334-0.62652.15382.5322.99810.4423-0.5177-0.06620.18830.1659-1.9406-0.54861.1184-0.72712.57830.1873-0.13173.3809-0.60673.040372.74374.66461.7737
94.4786-1.827-2.30029.80351.05382.0035-0.0296-0.6564-0.50530.2885-0.2257-1.60980.80252.4820.33941.00260.1783-0.20181.66150.06190.939750.128473.0229-0.576
102.37234.2393-0.20237.83511.10628.018-0.3291-1.4734-1.9377-0.2396-0.5695-1.47541.52320.92090.60531.05090.20890.21281.25130.31421.234632.743261.55363.6187
117.2786-1.2994-4.32962.60470.91662.7136-0.5364-1.2618-0.4222-0.5210.2524-1.50471.18281.43160.33871.04510.13860.00941.22990.00890.980336.606364.8622-1.8219
120.61010.4202-0.42781.81711.92793.5856-0.67320.05310.40320-0.0023-0.5428-0.96630.16390.77662.4525-0.091-0.53123.0725-0.13362.993564.822276.16951.8565
133.983-3.37283.52134.2302-2.21683.7985-0.47630.06051.63890.1223-0.0016-0.6857-0.48090.64720.58930.6709-0.22190.01670.6609-0.03510.874727.106838.1795-95.9683
143.14930.1545-0.29850.8278-0.12821.92140.15130.12891.28040.17410.12570.4949-0.5149-0.622-0.14720.78170.09030.12970.66160.06471.1789-5.899645.3368-94.3244
152.5724-0.13580.02421.3283-0.48572.68140.24910.0132-0.3553-0.3305-0.0199-0.00090.61550.181-0.1460.97460.0033-0.13020.6788-0.04920.44319.630510.997-101.6863
163.58080.23360.4311.9287-0.03062.55920.3306-0.4854-0.9592-0.5898-0.10941.07580.4785-0.4991-0.12891.1982-0.3341-0.48131.0020.22581.1831-9.47675.02-88.5066
173.5776-0.6161-0.16341.8050.13582.34440.11-1.1841-0.1511-0.08580.05470.21270.46190.1721-0.17520.8687-0.2015-0.08620.85730.06230.56969.744511.5678-79.1548
181.77270.23992.70844.1251.2644.43871.0076-1.07580.65240.8746-0.11322.2052-0.3832-1.2173-1.02041.0962-0.02820.15521.00710.19961.2155-2.870324.186-91.0566
195.9345-2.53670.64444.029-3.02042.93110.5313-0.43270.56120.01120.43890.66971.0354-0.61-0.72831.0345-0.1003-0.18470.5292-0.12260.96333.312623.253-98.1645
206.0966-1.59773.50381.606-3.39427.2778-0.35191.0841-0.8894-0.7447-1.151.62580.7835-1.08351.28813.88240.5094-0.77592.8241-0.47233.087-16.7916.7243-76.5146
214.05421.8085-1.54991.4064-0.98932.76630.29020.4944-0.16510.09330.30980.51050.5777-0.7586-0.43831.17450.0357-0.19081.19420.08641.0243-0.0884-12.027458.309
222.3116-0.04221.01070.83150.14212.3370.02680.53670.2776-0.0304-0.14830.103-0.29230.25980.13241.10940.0462-0.06421.0172-0.03750.551919.89819.696350.1302
237.0152-1.3249-1.86752.31021.25121.18210.19111.2261-0.43940.1092-0.42171.5216-0.1996-0.85380.24741.52840.21590.06791.7248-0.03721.08691.502112.992652.5321
242.5259-1.7369-1.45094.9297-2.69337.06310.32420.6733-0.2528-0.01710.25321.3023-0.55640.3653-0.41251.5710.0804-0.1861.5151-0.23140.822111.2569.013258.6601
255.34180.5983-2.63.7814-3.21623.5728-0.72840.2611-0.3580.4781-0.77830.50771.051-1.24681.34723.53750.3959-0.20742.9672-1.1632.9392-9.305225.338944.3836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 331 )B1 - 331
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 332 through 883 )B332 - 883
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 4 through 18 )A4 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 0 through 8 )C0 - 8
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 2 through 7 )D2 - 7
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 4 through 407 )E4 - 407
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 408 through 883 )E408 - 883
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 2 through 6 )F2 - 6
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 7 through 12 )F7 - 12
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 13 through 18 )F13 - 18
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 1 through 8 )G1 - 8
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 2 through 9 )H2 - 9
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'I' and (resid 3 through 61 )I3 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'I' and (resid 62 through 301 )I62 - 301
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'I' and (resid 302 through 549 )I302 - 549
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'I' and (resid 550 through 728 )I550 - 728
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'I' and (resid 729 through 883 )I729 - 883
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'J' and (resid 5 through 18 )J5 - 18
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'K' and (resid 1 through 8 )K1 - 8
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 4 through 6 )L4 - 6
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'M' and (resid 3 through 283 )M3 - 283
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'M' and (resid 284 through 883 )M284 - 883
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'N' and (resid 4 through 18 )N4 - 18
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'O' and (resid 1 through 8 )O1 - 8
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'P' and (resid 2 through 7 )P2 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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