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Yorodumi- PDB-8dh5: T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dh5 | ||||||
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Title | T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch | ||||||
Components |
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Keywords | Transferase/DNA/RNA / T7 RNA polymerase / elongation complex / unnatural base / Ds-Pa / synthetic DNA / transcription / Transferase-DNA-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia phage T7 (virus) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.85 Å | ||||||
Model details | T7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base pair, synthetic DNA | ||||||
Authors | Oh, J. / Wang, D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Structural basis of transcription recognition of a hydrophobic unnatural base pair by T7 RNA polymerase. Authors: Oh, J. / Kimoto, M. / Xu, H. / Chong, J. / Hirao, I. / Wang, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dh5.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dh5.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dh5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dh5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8dh0SC 8dh1C 8dh2C 8dh3C 8dh4C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 8 molecules AFJNDHLP
#2: DNA chain | Mass: 5510.578 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | Mass: 2666.761 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Protein / RNA chain , 2 types, 8 molecules BEIMCGKO
#1: Protein | Mass: 98984.227 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Escherichia phage T7 (virus) / References: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase #3: RNA chain | Mass: 3851.360 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 2 types, 6 molecules
#5: Chemical | ChemComp-ATP / #6: Chemical | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.09 % / Mosaicity: 0.33 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.1 Details: 10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.3 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 21, 2022 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.83→47.43 Å / Num. obs: 115889 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 76.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 408951 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 8DH0 Resolution: 2.85→47.43 Å / SU ML: 0.51 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 33.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 398.81 Å2 / Biso mean: 108.6907 Å2 / Biso min: 28.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.85→47.43 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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