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- PDB-8clh: Drug cocktail (Colchicine, Epothilone A, Peloruside, Ansamitocin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8clh
タイトルDrug cocktail (Colchicine, Epothilone A, Peloruside, Ansamitocin P3, Vinblastine) bound to tubulin (T2R-TTL) complex
要素
  • Stathmin-4スタスミン
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
  • Tubulin tyrosine ligase
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Drug-tubulin-complex Cell cycle inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / 成長円錐 / 微小管 / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. ...Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-BKF / EPOTHILONE A / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / Chem-LOC / Peloruside A / Chem-VLB / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-BKF / EPOTHILONE A / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / Chem-LOC / Peloruside A / Chem-VLB / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wranik, M. / Bertrand, Q. / Kepa, M.W. / Weinert, T. / Steinmetz, M. / Standfuss, J.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_179351 スイス
Swiss National Science Foundation310030_207462 スイス
Swiss National Science Foundation310030_192566 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers.
著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...著者: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / Ozerov, D. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Beale, J.H. / Stubbs, S. / Zamofing, T. / Schneider, M. / Krauskopf, K. / Gao, L. / Thorn-Seshold, O. / Bostedt, C. / Bacellar, C. / Steinmetz, M.O. / Milne, C. / Standfuss, J.
履歴
登録2023年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,69723
ポリマ－254,7006
非ポリマー5,99717
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25300 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area81560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.000, 160.340, 181.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain


分子量: 48966.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 48260.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16282.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin tyrosine ligase


分子量: 43964.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 11種, 143分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-LOC / N-[(7S)-1,2,3,10-tetramethoxy-9-oxo-6,7-dihydro-5H-benzo[d]heptalen-7-yl]ethanamide / COLCHICINE / コルヒチン / コルヒチン


分子量: 399.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-EP / EPOTHILONE A / エポチロンA


分子量: 493.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H39NO6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-POU / Peloruside A / (1R,3R,4S,7S,9S,11S,13R,14R,15R)-4,11,13,14-tetrahydroxy-7-[(2Z,4R)-4-(hydroxymethyl)hex-2-en-2-yl]-3,9,15-trimethoxy-12,12-dimethyl-6,17-dioxabicyclo[11.3.1]heptadecan-5-one


分子量: 548.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H48O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物 ChemComp-VLB / (2ALPHA,2'BETA,3BETA,4ALPHA,5BETA)-VINCALEUKOBLASTINE / VINBLASTINE / (2′R)-ビンカロイコブラスチン / ビンブラスチン


分子量: 810.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H58N4O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#13: 化合物 ChemComp-BKF / (1S,2S,3S,5S,6S,16Z,18Z,20R,21S)-11-chloro-21-hydroxy-12,20-dimethoxy-2,5,9,16-tetramethyl-8,23-dioxo-4,24-dioxa-9,22-diazatetracyclo[19.3.1.1~10,14~.0~3,5~]hexacosa-10(26),11,13,16,18-pentaen-6-yl 2-methylpropanoate


分子量: 635.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H43ClN2O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: small tubes / pH: 6.5
詳細: 6% PEG4000 (w/v), 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SwissFEL ARAMIS / ビームライン: ESA / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15.29 Å / Num. obs: 121575 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 350.9 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.15
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 12016 / CC1/2: 0.321
Serial crystallography sample delivery手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: Hydroxyethylcellulose / 解説: High-viscosity injection / Injector diameter: 75 µm

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4487精密化
CrystFEL0.8.0データ削減
CrystFEL0.8.0データスケーリング
PHENIX1.20_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→15.29 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1182 1.09 %
Rwork0.1849 --
obs0.1854 108000 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17316 0 395 126 17837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.087
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9326853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.610.35311460.3113201X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.750.30721460.293913216X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.920.36841480.268913258X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.150.25451460.239613300X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.460.21411470.205513301X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.950.25041480.174413376X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.950.19621480.142313445X-RAY DIFFRACTION100
4.95-15.290.22161530.155713721X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6154-0.2198-0.43926.01271.46813.93170.1364-0.0790.6891-0.2640.0317-0.3103-0.88660.2261-0.17410.7512-0.06720.12310.6041-0.12380.624129.97898.940554.0525
21.6155-0.127-0.21572.8880.89222.38310.06120.0180.1073-0.15750.1406-0.2348-0.21930.3767-0.19690.4589-0.00840.01350.5156-0.17390.50929.402383.647155.9608
31.14240.9564-1.11362.56040.53524.32440.1916-0.18470.13370.3729-0.02910.6558-0.2832-0.2651-0.1530.54060.02260.04520.481-0.17550.591814.682486.061571.3884
41.0979-0.65421.24476.5459-0.08972.5479-0.1625-0.25370.33151.21760.15760.2856-0.0931-0.079-0.08040.84410.02590.12530.6241-0.17450.58118.023589.49580.8561
53.5401-0.60860.31436.06120.90934.696-0.0248-0.23220.06110.8650.12050.2387-0.16630.2017-0.0630.5968-0.01260.12970.5873-0.16050.587218.872290.477574.5584
61.3269-0.3354-1.35153.72212.00424.004-0.15-0.0723-0.26090.34850.21480.07120.72470.4452-0.00610.5260.1208-0.05710.523-0.13120.527127.530962.706957.7575
75.7741-1.26990.5968.42385.02385.4653-0.2032-0.6793-0.42681.13430.2099-0.04331.19440.61920.04140.71610.182-0.13720.5887-0.03130.586232.021864.900470.2289
87.6232-1.918-0.67239.11971.90935.0530.1599-0.08750.8479-0.5489-0.07680.4088-0.8673-0.1308-0.07980.5920.00980.04370.39250.00530.483315.88574.092922.6417
96.9799-3.1297-0.7767.50015.30597.77980.09590.66180.7599-1.2869-0.42560.3698-1.209-0.31120.30050.72950.0564-0.03120.54170.06730.502518.581169.001312.6142
102.52390.27240.05284.6596-0.13032.44880.03490.44440.1495-0.3850.3141-0.4747-0.47040.4732-0.35530.6237-0.07960.12350.6567-0.11550.546329.327958.348314.2704
110.92110.34730.40291.54090.72842.0978-0.0057-0.1570.1651-0.04130.00170.0102-0.13150.0108-0.00490.44850.01390.01440.4842-0.07590.48317.181355.935526.5369
126.9287-0.47832.07550.3992-1.29644.6074-0.0149-0.08020.450.1078-0.12150.0248-0.07560.12150.13940.42470.01630.05720.4281-0.1760.463319.759663.799639.6517
133.4897-1.0846-1.00027.80591.05124.67710.03960.24030.0361-0.4371-0.1941.4156-0.2762-1.22280.04670.45190.0109-0.03690.725-0.1530.6925-1.007458.834837.9467
144.858-1.9222-1.35486.52130.04885.8694-0.1398-0.67920.8060.59150.31680.3134-0.7077-1.2623-0.15480.54150.11240.00350.7843-0.24570.62085.040567.567646.8503
151.3813-0.8091-0.44571.74442.33543.5837-0.1186-0.02340.23570.404-0.0630.04030.2775-0.11560.17570.3718-0.02870.01940.5155-0.09950.453311.943954.290339.0771
161.4148-0.9179-1.69614.9193.93487.5437-0.2312-0.1548-0.2030.78080.1743-0.1841.03780.6580.05240.44730.0449-0.07620.4333-0.02830.48524.856440.175431.8191
174.8625-2.1342-1.58415.03770.82374.0146-0.05760.19110.4982-0.18050.06260.1873-0.687-0.05390.01860.5745-0.056-0.01830.4270.03430.402713.597243.5759-13.3756
181.4297-0.29730.07272.38790.39152.03930.01620.1888-0.0264-0.25990.06290.002-0.10640.1021-0.07510.4489-0.05020.01590.4359-0.06340.407717.589528.3426-10.2674
194.2624-2.3561.99581.9594-1.31472.88390.01130.10330.26890.0429-0.0025-0.0161-0.1092-0.08380.00720.3547-0.010.06860.4411-0.08020.492710.587135.21965.9294
201.1072-1.38350.67212.51910.41052.2060.0038-0.023-0.2004-0.0434-0.12440.38640.108-0.52310.0820.4118-0.1070.02460.567-0.10930.527-2.7429.97955.5901
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292.8605-1.015-0.07952.99410.16941.7185-0.18440.2268-0.38140.02480.09640.15430.4638-0.33810.11580.6361-0.14470.06710.5512-0.13590.52728.8175-3.3146-21.0776
305.3289-0.5285-2.03012.5277-1.78913.336-0.23420.0929-0.7143-0.00480.1014-0.23820.92230.60010.02560.78440.05360.01010.606-0.23730.749230.5459-15.7343-24.4707
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330.3397-0.0085-0.25663.43833.76354.3771-0.2196-0.0006-0.03770.59430.6024-0.3150.72730.9192-0.49740.52490.09180.01010.7576-0.1940.731142.801329.02093.8061
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357.3508-1.34514.05327.7665-2.49092.6966-0.0808-0.79660.83690.2165-0.3641-0.951-0.39211.01640.6631.02970.0967-0.05271.1886-0.0250.776614.462167.5335102.3524
365.14461.52632.80373.4126-2.55665.8366-0.3376-1.74620.35960.8383-0.5406-0.6837-0.55561.56720.49551.3360.1956-0.22191.83580.12311.073618.436361.3459113.9987
376.86650.35190.69145.3769-0.43894.0657-0.3704-0.4724-1.03580.6675-0.1157-1.24181.12591.20570.39341.43140.39270.02411.18470.30871.175814.029452.094106.9735
384.70481.1275-1.68434.5228-2.44449.0107-0.50310.2388-0.63-0.47180.24710.37421.816-0.33550.24711.0614-0.04780.21230.6769-0.0420.7722-3.119958.101989.741
392.06680.2649-2.1771.57810.10672.3896-0.2118-0.2971-0.9073-0.1437-0.4433-1.48791.70620.72840.51781.63150.36430.21431.48530.45511.64335.426542.9267105.6801
403.2102-0.2554-3.10521.64260.01936.3042-0.42890.144-0.53230.19340.36320.17550.983-0.24770.05291.0082-0.00340.1220.60810.0280.7036-2.837758.801593.3444
418.3188-4.8676-4.84946.8861.0723.7176-0.18080.6738-0.1284-0.07810.66880.0040.3583-1.1803-0.50550.7424-0.1115-0.00120.78960.00020.9228-7.892564.217379.35
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 72 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 259 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 260 through 306 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 307 through 337 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 338 through 381 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 382 through 414 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 415 through 439 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 56 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 57 through 88 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 89 through 128 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 129 through 243 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 244 through 273 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 274 through 311 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 312 through 338 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 339 through 401 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 402 through 440 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1 through 72 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 73 through 243 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 244 through 277 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 278 through 324 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 325 through 350 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 351 through 440 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 2 through 59 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 60 through 88 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 89 through 127 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 128 through 238 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 239 through 268 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 269 through 296 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 297 through 401 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 402 through 441 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 6 through 20 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 21 through 46 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 47 through 143 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 1 through 83 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 84 through 127 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 128 through 151 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 152 through 198 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 199 through 223 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 224 through 257 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 258 through 353 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 354 through 381 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る