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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cl7 | ||||||||||||
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Title | Krokinobacter eikastus rhodopsin 2 (KR2) in dark state | ||||||||||||
![]() | Sodium pumping rhodopsin | ||||||||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||||||||
Function / homology | Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Bertrand, Q. / Wranik, M. / Kepa, M.W. / Weinert, T. / Standfuss, J. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers. Authors: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...Authors: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / Ozerov, D. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Beale, J.H. / Stubbs, S. / Zamofing, T. / Schneider, M. / Krauskopf, K. / Gao, L. / Thorn-Seshold, O. / Bostedt, C. / Bacellar, C. / Steinmetz, M.O. / Milne, C. / Standfuss, J. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 189.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 155.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8cl5C ![]() 8cl6C ![]() 8cl8C ![]() 8cl9C ![]() 8clbC ![]() 8clcC ![]() 8cldC ![]() 8cleC ![]() 8clfC ![]() 8clgC ![]() 8clhC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 29894.635 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-RET / ![]() | ||||
#3: Chemical | ChemComp-LFA / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.51 Å3/Da / Density % sol: 64.92 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293.15 K / Method: lipidic cubic phase Details: 200 mM Sodium acetate pH 4.4 150 mM Magnesium Chloride 34 % PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293.15 K / Serial crystal experiment: Y |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI JUNGFRAU 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 16, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.76→15.976 Å / Num. obs: 28894 / % possible obs: 65.7 % / Redundancy: 960.89 % / CC1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 8.17 |
Reflection shell | Resolution: 1.76→1.83 Å / Redundancy: 234.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 370 / CC1/2: 0.483 |
Serial crystallography sample delivery | Method: injection |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.76→15.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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