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Yorodumi- PDB-8clh: Drug cocktail (Colchicine, Epothilone A, Peloruside, Ansamitocin ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8clh | ||||||||||||
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Title | Drug cocktail (Colchicine, Epothilone A, Peloruside, Ansamitocin P3, Vinblastine) bound to tubulin (T2R-TTL) complex | ||||||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / Drug-tubulin-complex Cell cycle inhibition | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / FREE ELECTRON LASER / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||||||||
Authors | Wranik, M. / Bertrand, Q. / Kepa, M.W. / Weinert, T. / Steinmetz, M. / Standfuss, J. | ||||||||||||
Funding support | Switzerland, 3items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: A multi-reservoir extruder for time-resolved serial protein crystallography and compound screening at X-ray free-electron lasers. Authors: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / ...Authors: Wranik, M. / Kepa, M.W. / Beale, E.V. / James, D. / Bertrand, Q. / Weinert, T. / Furrer, A. / Glover, H. / Gashi, D. / Carrillo, M. / Kondo, Y. / Stipp, R.T. / Khusainov, G. / Nass, K. / Ozerov, D. / Cirelli, C. / Johnson, P.J.M. / Dworkowski, F. / Beale, J.H. / Stubbs, S. / Zamofing, T. / Schneider, M. / Krauskopf, K. / Gao, L. / Thorn-Seshold, O. / Bostedt, C. / Bacellar, C. / Steinmetz, M.O. / Milne, C. / Standfuss, J. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8clh.cif.gz | 913.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8clh.ent.gz | 757.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8clh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8cl5C 8cl6C 8cl7C 8cl8C 8cl9C 8clbC 8clcC 8cldC 8cleC 8clfC 8clgC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 48966.324 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 48260.215 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16282.527 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 43964.059 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 11 types, 143 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-LOC / | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-POU / | #12: Chemical | ChemComp-VLB / ( | #13: Chemical | ChemComp-BKF / ( | #14: Chemical | ChemComp-ACP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: small tubes / pH: 6.5 Details: 6% PEG4000 (w/v), 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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Diffraction source | Source: FREE ELECTRON LASER / Site: SwissFEL ARAMIS / Beamline: ESA / Wavelength: 1.03 Å |
Detector | Type: PSI JUNGFRAU 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 28, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→15.29 Å / Num. obs: 121575 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 350.9 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.15 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 12016 / CC1/2: 0.321 |
Serial crystallography sample delivery | Method: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | Carrier solvent: Hydroxyethylcellulose / Description: High-viscosity injection / Injector diameter: 75 µm |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5→15.29 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→15.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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