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万見
- PDB-7zly: Crystal structure of human GPCR Niacin receptor (HCA2) expressed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zly
タイトルCrystal structure of human GPCR Niacin receptor (HCA2) expressed from Spodoptera frugiperda
要素Hydroxycarboxylic acid receptor 2,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Niacin receptor / hydroxycarboxylic acid receptor 2 / HCA2 / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / membrane protein structure (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinic acid receptor activity / Hydroxycarboxylic acid-binding receptors / neutrophil apoptotic process / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of neutrophil apoptotic process / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of lipid catabolic process / 電子伝達系 / 細胞結合 / G alpha (i) signalling events ...nicotinic acid receptor activity / Hydroxycarboxylic acid-binding receptors / neutrophil apoptotic process / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / positive regulation of neutrophil apoptotic process / positive regulation of adiponectin secretion / negative regulation of lipid catabolic process / 電子伝達系 / 細胞結合 / G alpha (i) signalling events / electron transfer activity / ペリプラズム / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
オレイン酸 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Hydroxycarboxylic acid receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yang, Y. / Kang, H.J. / Gao, R.G. / Wang, J.J. / FiBerto, J.F. / Wu, L.J. / Tong, J.H. / Han, G.W. / Qu, L. / Wu, Y.R. ...Yang, Y. / Kang, H.J. / Gao, R.G. / Wang, J.J. / FiBerto, J.F. / Wu, L.J. / Tong, J.H. / Han, G.W. / Qu, L. / Wu, Y.R. / Pileski, R. / Li, X.M. / Zhang, X.C. / Zhao, S.W. / Kenakin, T. / Wang, Q. / Stevens, R.C. / Peng, W. / Roth, B.L. / Rao, Z.H. / Liu, Z.J.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)Grant No. 2017YFC0840300 中国
Chinese Academy of SciencesGrant No. XDB08020200 中国
National Science Foundation (NSF, China)31330019 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2014CB910400 and 2015CB910104 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2016YCF0905902 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the human niacin receptor HCA2-G signalling complex.
著者: Yang Yang / Hye Jin Kang / Ruogu Gao / Jingjing Wang / Gye Won Han / Jeffrey F DiBerto / Lijie Wu / Jiahui Tong / Lu Qu / Yiran Wu / Ryan Pileski / Xuemei Li / Xuejun Cai Zhang / Suwen Zhao / ...著者: Yang Yang / Hye Jin Kang / Ruogu Gao / Jingjing Wang / Gye Won Han / Jeffrey F DiBerto / Lijie Wu / Jiahui Tong / Lu Qu / Yiran Wu / Ryan Pileski / Xuemei Li / Xuejun Cai Zhang / Suwen Zhao / Terry Kenakin / Quan Wang / Raymond C Stevens / Wei Peng / Bryan L Roth / Zihe Rao / Zhi-Jie Liu /
要旨: The hydroxycarboxylic acid receptor 2 (HCA2) agonist niacin has been used as treatment for dyslipidemia for several decades albeit with skin flushing as a common side-effect in treated individuals. ...The hydroxycarboxylic acid receptor 2 (HCA2) agonist niacin has been used as treatment for dyslipidemia for several decades albeit with skin flushing as a common side-effect in treated individuals. Extensive efforts have been made to identify HCA2 targeting lipid lowering agents with fewer adverse effects, despite little being known about the molecular basis of HCA2 mediated signalling. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the HCA2-G signalling complex with the potent agonist MK-6892, along with crystal structures of HCA2 in inactive state. These structures, together with comprehensive pharmacological analysis, reveal the ligand binding mode and activation and signalling mechanisms of HCA2. This study elucidates the structural determinants essential for HCA2 mediated signalling and provides insights into ligand discovery for HCA2 and related receptors.
履歴
登録2022年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxycarboxylic acid receptor 2,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8698
ポリマ－49,8181
非ポリマー2,0517
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.080, 82.150, 86.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Hydroxycarboxylic acid receptor 2,Soluble cytochrome b562 / G-protein coupled receptor 109A / G-protein coupled receptor HM74A / Niacin receptor 1 / Nicotinic ...G-protein coupled receptor 109A / G-protein coupled receptor HM74A / Niacin receptor 1 / Nicotinic acid receptor / Cytochrome b-562


分子量: 49817.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HCAR2, GPR109A, HCA2, HM74A, NIACR1, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TDS4, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM pH5.4 sodium citrate, 60mM ammonium citrate, 36% PEG400, and 3% Additive 80 (40% PPG)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.972 Å / Num. obs: 25559 / % possible obs: 95.76 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.18
反射 シェル解像度: 2.7→2.752 Å / Num. unique obs: 1101 / CC1/2: 0.69

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PXZ

4pxz


解像度: 2.7→47.97 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 --
Rwork0.25 --
obs-25559 95.76 %
原子変位パラメータBiso max: 193.39 Å2 / Biso min: 37.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3088 0 94 0 3182

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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