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- PDB-7z60: Human transthyretin (TTR) complexed with Quercetin 3-O-beta-D-gal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z60
タイトルHuman transthyretin (TTR) complexed with Quercetin 3-O-beta-D-galactoside
要素Transthyretinトランスサイレチン
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Transthyretin (トランスサイレチン) / Thyroid hormone-binding protein / TTR-QUE-3GAL
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / トランスサイレチン / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / Chem-J6O / トランスサイレチン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Ciccone, L. / Braca, A. / Orlandini, E. / Nencetti, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Ministero dell Universita e della Ricerca2017SNRXH3 イタリア
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2022
タイトル: Antioxidant Quercetin 3-O-Glycosylated Plant Flavonols Contribute to Transthyretin Stabilization
著者: Ciccone, L. / Tonali, N. / Fruchart-Gaillard, C. / Barlettani, L. / Rossello, A. / Braca, A. / Orlandini, E. / Nencetti, S.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1505
ポリマ－27,5552
非ポリマー5963
水3,495194
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,30010
ポリマ－55,1094
非ポリマー1,1916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.230, 85.600, 64.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-389-

HOH

21A-394-

HOH

31A-403-

HOH

41B-352-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / トランスサイレチン / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-J6O / 2-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]-3-[(2S,3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5,7-bis(oxidanyl)chromen-4-one / Hyperoside / ヒペロシド / ヒペロシド


分子量: 464.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20O12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 5 mg/ml TTR dialysed against 0.1 M NaCl, 0.05M Na acetate, pH 5.5. Precipitant:80% (30% PEG 4000, 0.2 M Imidazole Malate pH 6.0), 15% ((12% MPEG 5000, 0.1 Sodium Acetate pH 5.5)
PH範囲: 5.5-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月14日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→42.8 Å / Num. obs: 45603 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / Num. unique obs: 90256 / CC1/2: 0.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PMF

4pmf


解像度: 1.4→42.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.535 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2197 2401 5 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1841 45603 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.95 Å2 / Biso mean: 27.601 Å2 / Biso min: 16.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→42.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1785 0 42 195 2022
Biso mean--36.57 43.56 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.6732862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4391.5844315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7665273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94522.745102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.57315324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9141510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02463
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.434 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 170 -
Rwork0.424 3217 -
obs--96.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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