PDB-4pmf: Human transthyretin (TTR) complexed with curcumin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pmf

タイトル

Human transthyretin (TTR) complexed with curcumin

要素

Transthyretin

トランスサイレチン

キーワード

Thyroid hormone-binding protein / Human transthyretin (TTR) complex / hydrophobic ligand solubilization.

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) /

thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport /

hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Stura, E.A. / Ciccone, L.

引用

ジャーナル: N Biotechnol / 年: 2014
タイトル: Transthyretin complexes with curcumin and bromo-estradiol: evaluation of solubilizing multicomponent mixtures.
著者: Ciccone, L. / Tepshi, L. / Nencetti, S. / Stura, E.A.

履歴

登録	2014年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.country / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._citation.country / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_struct_special_symmetry / software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pmf.cif.gz	75.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pmf.ent.gz	55.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pmf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/4pmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/4pmf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pm1SC 4pmeC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1thc-1 1z7j-1 5h0v-d 5h0z-1 5ayt-1 1ict-1 5al8-1 6xtk-1 5u4a-1 2roy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

26.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.255, 85.487, 64.168
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- CUR
2	1	A-201- CUR
3	1	A-201- CUR
4	1	A-201- CUR
5	1	B-201- CUR
6	1	B-201- CUR
7	1	B-201- CUR
8	1	B-201- CUR
9	1	B-201- CUR
10	1	B-305- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / トランスサイレチン / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 12832.396 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-146 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: SERUM / 組織: SERUM / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-CUR / (1Z,4Z,6E)-5-hydroxy-1,7-bis(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)hepta-1,4,6-trien-3-one / Curcumin, enol form / (1Z,4Z,6E)-1,7-ビス(4-ヒドロキシ-3-メトキシフェニル)-5-ヒドロキシ-1,4,6-ヘプタトリエン(以下略) / クルクミン分子量: 368.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₀O₆
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Precipitant: 40% MPEG 2,000, 1% dioxane, 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.5. Cryoprotectant: 40% mixed (25% dioxane, 25% DMSO, 12.5% ethylene glycol, 12.5% 1,2-propanediol, 12.5% glycerol, 12.5% ...詳細: Precipitant: 40% MPEG 2,000, 1% dioxane, 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.5. Cryoprotectant: 40% mixed (25% dioxane, 25% DMSO, 12.5% ethylene glycol, 12.5% 1,2-propanediol, 12.5% glycerol, 12.5% 2,3-butanediol) 50% (25% MPEG 5K, 0.1 M mixed (sodium acetate, ADA, bicine 20% pH 4 and 80% pH 9), 3 milli-M Curcumin for 20 min PH範囲: 8.2 / Temp details: cooled incubator

結晶

マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.78 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Precipitant: 40% MPEG 2,000, 1% dioxane, 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.5. Cryoprotectant: 40% mixed (25% dioxane, 25% DMSO, 12.5% ethylene glycol, 12.5% 1,2-propanediol, 12.5% glycerol, 12.5% ...
PH範囲: 8.2 / Temp details: cooled incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月17日 / 詳細: bent cylindrical mirror
放射	モノクロメーター: horizontally diffracting Si (111) monochromator and Pt coated mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry for focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→39 Å / Num. all: 53047 / Num. obs: 52995 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.95 % / B_iso Wilson estimate: 16.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 0.061 / Net I/σ(I): 18.07
反射シェル	解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 9.03 % / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
XDS		データスケーリング
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
Coot		モデル構築
ADSC	MxCUBE	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PM1

4pm1

解像度: 1.35→39 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2088	2690	5.08 %	Random
R_work	0.1761	-	-	-
obs	0.1777	52990	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1811	0	59	220	2090

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2327
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.258	3205
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.767	852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	336
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	436

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection R_free: 5 % / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.35-1.3746	0.3236	142	0.2858	2577
1.3746-1.401	0.2631	148	0.2776	2623
1.401-1.4296	0.2991	142	0.2659	2611
1.4296-1.4607	0.2542	147	0.2414	2599
1.4607-1.4947	0.2589	161	0.2312	2617
1.4947-1.532	0.2802	141	0.2227	2559
1.532-1.5735	0.1995	143	0.2081	2635
1.5735-1.6198	0.2136	145	0.1952	2617
1.6198-1.6721	0.203	130	0.1884	2640
1.6721-1.7318	0.2339	142	0.1899	2622
1.7318-1.8012	0.2284	125	0.1839	2666
1.8012-1.8831	0.1868	132	0.1741	2647
1.8831-1.9824	0.2023	140	0.1679	2631
1.9824-2.1066	0.1898	136	0.163	2648
2.1066-2.2692	0.2014	133	0.1621	2680
2.2692-2.4976	0.1836	153	0.1639	2665
2.4976-2.8589	0.2189	143	0.1698	2682
2.8589-3.6015	0.1902	157	0.1558	2718
3.6015-38.6111	0.2058	130	0.1692	2863

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