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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y6z | ||||||||||||
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タイトル | RLGSGG-AtPRT6 UBR box (I222) | ||||||||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase PRT6 | ||||||||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / PRT6 / UBR box / E3 ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of seed germination / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / regulation of lipid catabolic process / response to abscisic acid / defense response to fungus / ubiquitin ligase complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...regulation of seed germination / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / regulation of lipid catabolic process / response to abscisic acid / defense response to fungus / ubiquitin ligase complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / defense response to bacterium / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.598 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kim, L. / Song, H.K. | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural analyses of plant PRT6-UBR box for Cys-Arg/N-degron pathway and insights into the plant submergence resistance 著者: Kim, L. / Lin, C.C. / Lin, T.J. / Cao, Y.C. / Chen, M.C. / Chou, M.Y. / Lin, W.H. / Kim, M. / Wu, J.L. / Shih, M.C. / Song, H.K. / Ho, M.C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y6z.cif.gz | 38.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y6z.ent.gz | 24.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y6z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/7y6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/7y6z | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7xwdC 7xweC 7xwfC 7xwgC 7y6wC 7y6xC 7y6yC 7y70C 6lhnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8132.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PRT6, CER3, GED1, At5g02310/At5g02300, T1E22.70/T1E22.60 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4KCC2, RING-type E3 ubiquitin transferase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.598→29.67 Å / Num. obs: 10003 / % possible obs: 93.25 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 26.829 |
反射 シェル | 解像度: 1.598→1.655 Å / Num. unique obs: 571 / CC1/2: 0.865 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6LHN 解像度: 1.598→29.67 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.598→29.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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