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万見
- PDB-7y6y: RLGSGG-AtPRT6 UBR box (C121) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y6y
タイトルRLGSGG-AtPRT6 UBR box (C121)
要素E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
キーワードLIGASE (リガーゼ) / PRT6 / UBR box / E3 ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of seed germination / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / regulation of lipid catabolic process / response to abscisic acid / defense response to fungus / ubiquitin ligase complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...regulation of seed germination / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the N-end rule pathway / regulation of lipid catabolic process / response to abscisic acid / defense response to fungus / ubiquitin ligase complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / defense response to bacterium / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase ELL-like / E3 ubiquitin-protein ligase UBR-like, C-terminal / Proteolysis_6 C-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase UBR1-like / Putative zinc finger in N-recognin (UBR box) / Zinc finger, UBR-type / Zinc finger UBR-type profile. / Putative zinc finger in N-recognin, a recognition component of the N-end rule pathway / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.543 Å
データ登録者Kim, L. / Song, H.K.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1A2C3008285 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M3A9I4030068 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A6A1A10045235 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analyses of plant PRT6-UBR box for Cys-Arg/N-degron pathway and insights into the plant submergence resistance
著者: Kim, L. / Lin, C.C. / Lin, T.J. / Cao, Y.C. / Chen, M.C. / Chou, M.Y. / Lin, W.H. / Kim, M. / Wu, J.L. / Shih, M.C. / Song, H.K. / Ho, M.C.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
B: E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
C: E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
D: E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,31716
ポリマ－32,5324
非ポリマー78512
水55831
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
C: E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6588
ポリマ－16,2662
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
D: E3 ubiquitin-protein ligase PRT6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6588
ポリマ－16,2662
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.706, 87.128, 60.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase PRT6 / Protein GREENING AFTER EXTENDED DARKNESS 1 / Protein PROTEOLYSIS 6 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRT6


分子量: 8132.913 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PRT6, CER3, GED1, At5g02310/At5g02300, T1E22.70/T1E22.60
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4KCC2, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.543→24.74 Å / Num. obs: 45502 / % possible obs: 96.65 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 31.675
反射 シェル解像度: 1.543→1.598 Å / Num. unique obs: 4463 / CC1/2: 0.946

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LHN

6lhn


解像度: 1.543→24.74 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 47.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 1948 4.39 %
Rwork0.2263 --
obs0.2271 44416 96.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.543→24.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2186 0 3 31 2220
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.063018
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.9291274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008408
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.543-1.58110.36551360.32092954X-RAY DIFFRACTION94
1.5811-1.62380.35641380.30123049X-RAY DIFFRACTION98
1.6238-1.67160.2821410.27653073X-RAY DIFFRACTION98
1.6716-1.72550.26391440.25993107X-RAY DIFFRACTION99
1.7255-1.78720.26271420.24913096X-RAY DIFFRACTION99
1.7872-1.85870.29451380.24033039X-RAY DIFFRACTION98
1.8587-1.94330.2581400.24973072X-RAY DIFFRACTION97
1.9433-2.04570.22711420.22353108X-RAY DIFFRACTION99
2.0457-2.17380.21521380.21263070X-RAY DIFFRACTION99
2.1738-2.34150.23531410.20933034X-RAY DIFFRACTION96
2.3415-2.57690.23831410.20882998X-RAY DIFFRACTION96
2.5769-2.94930.25791370.22472936X-RAY DIFFRACTION93
2.9493-3.71380.21671390.21652989X-RAY DIFFRACTION95
3.7138-24.740.2041310.19662943X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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