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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xe6 | ||||||
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タイトル | T4 lysozyme mutant-S44C/C54T/N68C/A93C/C97A/T115C, pH7 | ||||||
![]() | Endolysin![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tamada, T. / Hiromoto, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Creation of Cross-Linked Crystals With Intermolecular Disulfide Bonds Connecting Symmetry-Related Molecules Allows Retention of Tertiary Structure in Different Solvent Conditions. 著者: Hiromoto, T. / Ikura, T. / Honjo, E. / Blaber, M. / Kuroki, R. / Tamada, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 18667.572 Da / 分子数: 1 / 変異: S44C, C54T, N68C, A93C, C97A, T115C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: A crystal was soaked into precipitant-free solutions (pH7). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.1→45.9 Å / Num. obs: 82294 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 9.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8082 / CC1/2: 0.891 / Rrim(I) all: 0.609 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5VNR 解像度: 1.1→25.52 Å / SU ML: 0.0786 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.6835 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→25.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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