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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xe7 | ||||||
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タイトル | T4 lysozyme mutant-S44C/C54T/N68C/A93C/C97A/T115C, pH10 | ||||||
要素 | EndolysinLysin | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Intermolecular disulfide symmetry cross-linked crystal | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia virus T4 (T4ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Tamada, T. / Hiromoto, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022 タイトル: Creation of Cross-Linked Crystals With Intermolecular Disulfide Bonds Connecting Symmetry-Related Molecules Allows Retention of Tertiary Structure in Different Solvent Conditions. 著者: Hiromoto, T. / Ikura, T. / Honjo, E. / Blaber, M. / Kuroki, R. / Tamada, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xe7.cif.gz | 105.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xe7.ent.gz | 65.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xe7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xe7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/7xe7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18667.572 Da / 分子数: 1 / 変異: S44C, C54T, N68C, A93C, C97A, T115C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia virus T4 (T4ファージ) 遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9IEF7, リゾチーム | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEZ / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: A crystal was soaked into precipitant-free solutions (pH10) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→26 Å / Num. obs: 93665 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 10.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.09 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 8688 / CC1/2: 0.925 / Rrim(I) all: 0.401 / % possible all: 92.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VNR 解像度: 1.05→25.97 Å / SU ML: 0.0718 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.2155 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.05→25.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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