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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wo0 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of human alpha-synuclein A53T fibril induced by calcium ions | ||||||
![]() | Alpha-synuclein![]() | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, K.-P. / Huang, J.Y.-C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Calcium abolishes intramolecular long-range contacts and promotes hereditary alpha-synuclein A53T aggregation 著者: Huang, J.Y.-C. / Wu, K.-P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 222.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32637MC ![]() 7wnzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 6467.289 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human alpha-synuclein A53T fibril formed in CaCl2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 1.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 179.51 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.375 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 167252 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54530 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6UFR PDB chain-ID: A |