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- PDB-7w70: Crystal structure of the PDZ-C domain fragment of Kangiella koree... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w70
タイトルCrystal structure of the PDZ-C domain fragment of Kangiella koreensis RseP orthologue
要素Zinc metalloprotease金属プロテアーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Intramembrane protease (膜内プロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / PDZ domain 6 / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
金属プロテアーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Kangiella koreensis DSM 16069 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Miyoshi, K. / Nogi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03170 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by site-2 protease homolog RseP.
著者: Yuki Imaizumi / Kazunori Takanuki / Takuya Miyake / Mizuki Takemoto / Kunio Hirata / Mika Hirose / Rika Oi / Tatsuya Kobayashi / Kenichi Miyoshi / Rie Aruga / Tatsuhiko Yokoyama / Shizuka ...著者: Yuki Imaizumi / Kazunori Takanuki / Takuya Miyake / Mizuki Takemoto / Kunio Hirata / Mika Hirose / Rika Oi / Tatsuya Kobayashi / Kenichi Miyoshi / Rie Aruga / Tatsuhiko Yokoyama / Shizuka Katagiri / Hiroaki Matsuura / Kenji Iwasaki / Takayuki Kato / Mika K Kaneko / Yukinari Kato / Michiko Tajiri / Satoko Akashi / Osamu Nureki / Yohei Hizukuri / Yoshinori Akiyama / Terukazu Nogi /
要旨: Site-2 proteases are a conserved family of intramembrane proteases that cleave transmembrane substrates to regulate signal transduction and maintain proteostasis. Here, we elucidated crystal ...Site-2 proteases are a conserved family of intramembrane proteases that cleave transmembrane substrates to regulate signal transduction and maintain proteostasis. Here, we elucidated crystal structures of inhibitor-bound forms of bacterial site-2 proteases including RseP. Structure-based chemical modification and cross-linking experiments indicated that the RseP domains surrounding the active center undergo conformational changes to expose the substrate-binding site, suggesting that RseP has a gating mechanism to regulate substrate entry. Furthermore, mutational analysis suggests that a conserved electrostatic linkage between the transmembrane and peripheral membrane-associated domains mediates the conformational changes. In vivo cleavage assays also support that the substrate transmembrane helix is unwound by strand addition to the intramembrane β sheet of RseP and is clamped by a conserved asparagine residue at the active center for efficient cleavage. This mechanism underlying the substrate binding, i.e., unwinding and clamping, appears common across distinct families of intramembrane proteases that cleave transmembrane segments.
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc metalloprotease
B: Zinc metalloprotease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5272
ポリマ－18,5272
非ポリマー00
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.673, 42.408, 97.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Zinc metalloprotease / 金属プロテアーゼ


分子量: 9263.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kangiella koreensis DSM 16069 (バクテリア)
株: DSM 16069 / KCTC 12182 / SW-125 / 遺伝子: Kkor_1905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C7R5Z1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES-Na (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→42.41 Å / Num. obs: 60798 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2913 / CC1/2: 0.794 / Rpim(I) all: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZPM

2zpm


解像度: 1.15→31.29 Å / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 23.3137
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2057 5779 5.04 %
Rwork0.1962 108919 -
obs0.1967 60798 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→31.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1308 0 0 166 1474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00591461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82192015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3086221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.15-1.160.27591830.30563582X-RAY DIFFRACTION98.12
1.16-1.180.32351600.30143758X-RAY DIFFRACTION98.99
1.18-1.190.27131760.27723602X-RAY DIFFRACTION99.08
1.19-1.210.29951800.27153619X-RAY DIFFRACTION98.73
1.21-1.220.30791990.26853674X-RAY DIFFRACTION99.33
1.22-1.240.2891950.26953615X-RAY DIFFRACTION98.99
1.24-1.260.2761950.25683707X-RAY DIFFRACTION99.26
1.26-1.280.28091820.25673662X-RAY DIFFRACTION99.12
1.28-1.30.30771790.24183616X-RAY DIFFRACTION99.22
1.3-1.320.25792080.24163655X-RAY DIFFRACTION98.82
1.32-1.340.27072560.24813573X-RAY DIFFRACTION99.07
1.34-1.360.25971950.23643683X-RAY DIFFRACTION98.95
1.36-1.390.24021980.23683503X-RAY DIFFRACTION96.99
1.39-1.420.22292250.2293627X-RAY DIFFRACTION98.85
1.42-1.450.25242100.213660X-RAY DIFFRACTION99.61
1.45-1.480.22081630.21683703X-RAY DIFFRACTION99.79
1.48-1.520.21921960.2053673X-RAY DIFFRACTION99.51
1.52-1.560.23042310.20033638X-RAY DIFFRACTION99.28
1.56-1.610.22542320.19453584X-RAY DIFFRACTION99.53
1.61-1.660.22751920.23659X-RAY DIFFRACTION99.43
1.66-1.720.18271850.1993659X-RAY DIFFRACTION98.82
1.72-1.790.24031640.20483667X-RAY DIFFRACTION98.94
1.79-1.870.20651370.20423670X-RAY DIFFRACTION98.25
1.87-1.970.19821870.18733619X-RAY DIFFRACTION97.92
1.97-2.090.17442200.19093574X-RAY DIFFRACTION97.28
2.09-2.250.2161910.18693522X-RAY DIFFRACTION95.79
2.25-2.480.21661470.19513492X-RAY DIFFRACTION94.06
2.48-2.840.20912000.20553622X-RAY DIFFRACTION98.79
2.84-3.570.17832030.18223645X-RAY DIFFRACTION99.35
3.57-31.290.17061900.16063656X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.0765295291 Å / Origin y: 21.9701877421 Å / Origin z: 14.0976019364 Å
111213212223313233
T0.119760733891 Å20.0166121593798 Å20.00114078037943 Å2-0.12773860542 Å2-0.00874318656783 Å2--0.141012589071 Å2
L0.546962321156 °20.62793711151 °20.914920233234 °2-0.366853112121 °20.450197906212 °2--1.03444290037 °2
S-0.00987088762049 Å °-0.0095168537562 Å °0.0355652311658 Å °0.050359833911 Å °-0.00130316018687 Å °0.0166476729605 Å °-0.0480841563119 Å °-0.0462822216522 Å °0.00696832699605 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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