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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w4r | ||||||
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タイトル | Structure of the M. tuberculosis HtrA N269A mutant at room-temperature | ||||||
要素 | Probable serine protease HtrA1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HtrA family of serine protease / chymotrypsin-like (キモトリプシン) / Periplasm (ペリプラズム) / Protein quality control / signal transduction and room temperature data. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase Do / peptidoglycan-based cell wall / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å | ||||||
データ登録者 | Gupta, A.K. / Gopal, B. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023 タイトル: Allosteric Determinants in High Temperature Requirement A Enzymes Are Conserved and Regulate the Population of Active Conformations. 著者: Gupta, A.K. / Singh, K. / Patidar, Y. / Sharma, R. / Sardesai, A.A. / Reddy, G. / Gopal, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w4r.cif.gz | 67.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w4r.ent.gz | 47 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w4r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/7w4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/7w4r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7vyzC 7vz0C 7w21C 7w22C 7w23C 7w24C 7w25C 7w4sC 7w4tC 7w4uC 7w4vC 7w4wC 6ieoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32479.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: htrA1, degP, htrA, Rv1223 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06291, peptidase Do |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES, 1.4M Sodium Citrate tribasic dihydrate pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.701→37.5 Å / Num. obs: 7485 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.701→2.797 Å / Num. unique obs: 751 / CC1/2: 0.263 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6IEO 解像度: 2.701→37.5 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.701→37.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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