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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vph | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-2 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Complex / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / RNA nuclear export / Protein binding (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket ...transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / nuclear pore nuclear basket / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / RNA export from nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / nuclear localization sequence binding / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / mitotic spindle pole / host cell Golgi membrane / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins / cellular response to organic cyclic compound / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / mRNA export from nucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / 核膜孔 / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / regulation of mitotic spindle organization / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / serine-type peptidase activity / SUMOylation of chromatin organization proteins / nuclear periphery / HCMV Late Events / ubiquitin binding / RHO GTPases Activate Formins / promoter-specific chromatin binding / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / 核小体 / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / 核膜 / snRNP Assembly / microtubule binding / 核膜 / transcription coactivator activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / nuclear body / 細胞周期 / ribonucleoprotein complex / 細胞分裂 / mRNA binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / タンパク質分解 / RNA binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Li, T. / Guo, H. / Yang, T. / Wen, Y. / Ji, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021 タイトル: Molecular Mechanism of SARS-CoVs Orf6 Targeting the Rae1-Nup98 Complex to Compete With mRNA Nuclear Export. 著者: Li, T. / Wen, Y. / Guo, H. / Yang, T. / Yang, H. / Ji, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vph.cif.gz | 640.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vph.ent.gz | 533.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vph.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vph | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42398.527 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAE1, MRNP41 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P78406 #2: タンパク質 | 分子量: 7785.728 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP98, ADAR2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P52948, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2486.661 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 参照: UniProt: P0DTC6 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.796→41.065 Å / Num. obs: 51228 / % possible obs: 99.32 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / Num. unique obs: 5087 / CC1/2: 0.58 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3MMY 解像度: 2.8→41.06 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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