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- PDB-7udo: Crystal structure of designed helical repeat protein RPB_LRP2_R4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udo
タイトルCrystal structure of designed helical repeat protein RPB_LRP2_R4 (proteolysis fragment?), forming pseudopolymeric filaments
要素Designed helical repeat protein (DHR) RPB_LRP2_R4
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / peptide binding (ペプチド) / designed helical repeat (DHR)
機能・相同性リン酸塩
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Redler, R.L. / Chang, Y. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128777 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: De novo design of modular peptide-binding proteins by superhelical matching.
著者: Wu, K. / Bai, H. / Chang, Y.T. / Redler, R. / McNally, K.E. / Sheffler, W. / Brunette, T.J. / Hicks, D.R. / Morgan, T.E. / Stevens, T.J. / Broerman, A. / Goreshnik, I. / DeWitt, M. / Chow, C. ...著者: Wu, K. / Bai, H. / Chang, Y.T. / Redler, R. / McNally, K.E. / Sheffler, W. / Brunette, T.J. / Hicks, D.R. / Morgan, T.E. / Stevens, T.J. / Broerman, A. / Goreshnik, I. / DeWitt, M. / Chow, C.M. / Shen, Y. / Stewart, L. / Derivery, E. / Silva, D.A. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Baker, D.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed helical repeat protein (DHR) RPB_LRP2_R4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8556
ポリマ－19,5121
非ポリマー3435
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: See manuscript
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.620, 72.620, 127.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Designed helical repeat protein (DHR) RPB_LRP2_R4


分子量: 19512.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細Sequence and model reflect a fragment of the larger full-length protein. See methods in referenced ...Sequence and model reflect a fragment of the larger full-length protein. See methods in referenced publication for details.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium phosphate dibasic, 20% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月6日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.73 Å / Num. obs: 13974 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 74.18 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 9.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1002 / CC1/2: 0.48 / Rrim(I) all: 2.18 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model

解像度: 2.5→44.73 Å / SU ML: 0.4103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.0718
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 659 5.04 %RANDOM
Rwork0.1925 12425 --
obs0.1938 13084 93.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.3 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1372 0 21 0 1393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121430
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35351915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068256
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3987195
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.690.35721150.34962094X-RAY DIFFRACTION81.06
2.69-2.960.38751270.31722357X-RAY DIFFRACTION90.26
2.96-3.390.26491300.25542548X-RAY DIFFRACTION96.85
3.39-4.270.22371400.20522662X-RAY DIFFRACTION99.57
4.28-44.730.17731470.1442764X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.0063378513-1.50356467499-1.288820298375.460496951661.482448521097.95828116601-0.15672730650.172003729309-0.2882862306510.2214733092340.120426919440.4433894288210.2184514651530.1335061171940.1092975009870.7437603825740.196762933357-0.0006268843163960.512175268822-0.01862075282160.73062711877733.81177570656.39080377611-25.9788616526
29.51216718397-1.02966453502-3.819281880429.571759742280.1809302186357.32972735965-0.1412978460520.360495259107-0.56619765557-0.4245327668850.135087470510.1480030781940.3232684478120.06341893942520.04646019704110.6643976908870.110394053461-0.001025102560290.467097175382-0.08320469230020.56665282762435.54732934940.653184671134-30.9165636242
37.2244360647-0.832811015690.4514004044299.643988389261.911010643244.450722093310.215609883826-0.159871405354-0.760274744160.1447494630110.08547175927351.125502290420.377396963689-0.514876811516-0.2087457728940.845892627463-0.00327026302349-0.1776946381910.5869760976870.04017535047230.91800405522728.8901609559-9.22388990297-29.8340643948
46.36877029067-0.1967638870330.4533514207977.22735642264-2.885106976958.35105709563-0.134125259177-0.0313781028115-0.429049446490.2960868378480.4643456271170.07614421348180.4279445903350.828945689096-0.1036837191130.9056018362050.276624112725-0.01412638953770.558879519573-0.005873162591190.76719739156838.7974501402-11.9000686057-24.9784265637
57.14020556003-0.383485946471-0.6229279094998.70603257324-1.08368282297.39332918165-0.0590371017736-0.824466945532-0.7395659255380.525463128679-0.3635244390431.075294352590.415551139886-0.921880458691-0.4521018927390.8737524835040.0346011712983-0.004758925159320.8172411872320.1116177918811.0480671781230.8456184082-18.0611511335-18.4959157607
68.55137271454-3.764499207513.24131072235.43375506518-2.187474235017.83309696772-0.1111911578390.234321025777-0.322888065633-0.7823631758890.336855567879-0.2321126447430.1552725749410.1870610878780.1605077437290.8096683650610.122008735475-0.008726046343190.5878676686560.009402132772380.70040403173941.3647913687-21.0137712084-22.2509475146
79.479548292070.7259295097054.534593740638.4444963462.390329138883.61300294586-0.150149299717-1.378688544670.1939474331080.75550946136-0.2748911362610.6488374351530.0190990437618-0.6653415986930.1520726499660.836843152094-0.03037642666590.0401005142370.8568369346280.1672487809750.80021284838240.5708629473-23.1994846365-10.9191418404
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 22 )0 - 221 - 24
22chain 'A' and (resid 23 through 62 )23 - 6225 - 64
33chain 'A' and (resid 63 through 83 )63 - 8365 - 86
44chain 'A' and (resid 84 through 105 )84 - 10587 - 109
55chain 'A' and (resid 106 through 125 )106 - 125110 - 129
66chain 'A' and (resid 126 through 147 )126 - 147130 - 152
77chain 'A' and (resid 148 through 171 )148 - 171153 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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