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- PDB-7udl: Crystal structure of designed helical repeat protein RPB_PLP1_R6 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udl
タイトルCrystal structure of designed helical repeat protein RPB_PLP1_R6 bound to PLPx6 peptide
要素
  • 6xPLP Peptide
  • Designed helical repeat protein (DHR) RPB_PLP1_R6
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / peptide binding (ペプチド) / designed helical repeat (DHR)
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Chang, Y. / Redler, R.L. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128777 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: De novo design of modular peptide-binding proteins by superhelical matching.
著者: Wu, K. / Bai, H. / Chang, Y.T. / Redler, R. / McNally, K.E. / Sheffler, W. / Brunette, T.J. / Hicks, D.R. / Morgan, T.E. / Stevens, T.J. / Broerman, A. / Goreshnik, I. / DeWitt, M. / Chow, C. ...著者: Wu, K. / Bai, H. / Chang, Y.T. / Redler, R. / McNally, K.E. / Sheffler, W. / Brunette, T.J. / Hicks, D.R. / Morgan, T.E. / Stevens, T.J. / Broerman, A. / Goreshnik, I. / DeWitt, M. / Chow, C.M. / Shen, Y. / Stewart, L. / Derivery, E. / Silva, D.A. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Baker, D.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed helical repeat protein (DHR) RPB_PLP1_R6
B: 6xPLP Peptide
D: 6xPLP Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3294
ポリマ－36,2673
非ポリマー621
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: See manuscript
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.440, 99.440, 173.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Designed helical repeat protein (DHR) RPB_PLP1_R6


分子量: 31927.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド 6xPLP Peptide


分子量: 2169.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 40% v/v MPD, 0.1 M sodium phosphate-citrate, pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→37.7 Å / Num. obs: 18220 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 59.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 1327 / CC1/2: 0.45 / Rrim(I) all: 2.45 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model

解像度: 2.15→37.68 Å / SU ML: 0.3393 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.191
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2757 1672 9.88 %RANDOM
Rwork0.2323 15249 --
obs0.2366 16921 92.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→37.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2363 0 4 7 2374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00162450
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41223342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0284411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0646945
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.210.45271160.3979981X-RAY DIFFRACTION72.99
2.21-2.280.35241060.32981078X-RAY DIFFRACTION80.05
2.28-2.370.34431230.29821168X-RAY DIFFRACTION86.3
2.37-2.460.31631340.29451241X-RAY DIFFRACTION90.7
2.46-2.570.33591360.2811264X-RAY DIFFRACTION94.02
2.57-2.710.30611430.29911289X-RAY DIFFRACTION94.77
2.71-2.880.31851440.26981317X-RAY DIFFRACTION97.4
2.88-3.10.36911510.291347X-RAY DIFFRACTION98.49
3.1-3.410.34341520.26111361X-RAY DIFFRACTION99.08
3.41-3.910.26941520.22491371X-RAY DIFFRACTION99.8
3.91-4.920.22391540.19631384X-RAY DIFFRACTION99.94
4.92-37.680.24481610.20541448X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.74317862578-1.621616741832.630022356257.0289711964-3.205196579927.18645526859-0.07333380500790.4138724728190.08362369507570.07755137266150.03200237459160.308719046617-0.710967258418-0.817250791096-0.05511848298650.424324707653-0.004244033184610.07285882379830.812412641790.04329950953880.4225982821791.82047754249-32.8457914181-4.63458020571
27.83549174574-2.437015673486.377435276946.070787627820.546435728119.11144603577-0.0453225236221-0.607609593162-1.152758876750.4753779134790.5253546872940.812477339544-0.10336901443-0.800582839468-0.2296362165010.4953468633870.02087466478170.09942818453780.503849223680.2240228038540.71378972311112.6808851676-45.303749246312.5911007913
38.46663240114-2.834635107821.691901724718.950429089023.361061325557.70350593003-0.209698482969-0.495327338205-0.2312997952970.574149520560.4162563579710.133782260759-0.4608777909680.0679199008213-0.2934897252840.5898315049180.112719570828-0.005815332740480.5477315221120.03512530261480.4807522951328.1150567654-43.218505617326.4232612642
42.162103146181.597322681350.4228683316484.420611408223.168724590322.597102942730.5537263022612.761510590321.21300332336-3.14906516992-1.405087342750.0480934872071-1.82858540494-0.301549679384-0.1846394287141.108193208820.1308952502690.05449899102031.357111691460.45697904740.63292249346812.1676010918-27.0248647464-18.3553230962
57.22792517775-1.042945841524.674909490952.394274456620.234823211653.36356904059-0.8449196941640.7207900685640.5108161935530.4006095178190.2314325345460.00017376188778-0.7631206585170.7191595176390.4730049270460.7276780397560.1389188726650.020082023520.333376955190.03894071760360.42227462289615.0739380316-32.83654659987.93238576292
63.412439079012.47003715491-2.228632993192.89661354875-0.05318225801873.58366111136-0.6356323241120.512279639333-0.55116580449-0.5164400144420.6188163089361.135768018340.206107643021-0.674447383130.1709624033141.219983005680.5286036011350.1917223508541.378936777950.1517106322770.65301739754514.7608635325-25.74665611351.18118606206
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 116 )AA3 - 1161 - 114
22chain 'A' and (resid 117 through 211 )AA117 - 211115 - 211
33chain 'A' and (resid 212 through 280 )AA212 - 280212 - 283
44chain 'B' and (resid 3 through 7 )BC3 - 71 - 5
55chain 'B' and (resid 8 through 21 )BC8 - 216 - 19
66chain 'D' and (resid 203 through 216 )DD203 - 2161 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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