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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ten | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Listeria monocytogenes GS-Met-Sox-P- ADP complex to 3.5 Angstrom | ||||||
要素 | Glutamine synthetaseグルタミンシンテターゼ | ||||||
キーワード | LIGASE/INHIBITOR / glutamate ammonium ligase / GlnR / GS / glutamine synthetase (グルタミンシンテターゼ) / Met-Sox / transition state (遷移状態) / LIGASE (リガーゼ) / LIGASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Listeria monocytogenes (リステリア・モノサイトゲネス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Schumacher, M.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Molecular dissection of the glutamine synthetase-GlnR nitrogen regulatory circuitry in Gram-positive bacteria. 著者: Brady A Travis / Jared V Peck / Raul Salinas / Brandon Dopkins / Nicholas Lent / Viet D Nguyen / Mario J Borgnia / Richard G Brennan / Maria A Schumacher / 要旨: How bacteria sense and respond to nitrogen levels are central questions in microbial physiology. In Gram-positive bacteria, nitrogen homeostasis is controlled by an operon encoding glutamine ...How bacteria sense and respond to nitrogen levels are central questions in microbial physiology. In Gram-positive bacteria, nitrogen homeostasis is controlled by an operon encoding glutamine synthetase (GS), a dodecameric machine that assimilates ammonium into glutamine, and the GlnR repressor. GlnR detects nitrogen excess indirectly by binding glutamine-feedback-inhibited-GS (FBI-GS), which activates its transcription-repression function. The molecular mechanisms behind this regulatory circuitry, however, are unknown. Here we describe biochemical and structural analyses of GS and FBI-GS-GlnR complexes from pathogenic and non-pathogenic Gram-positive bacteria. The structures show FBI-GS binds the GlnR C-terminal domain within its active-site cavity, juxtaposing two GlnR monomers to form a DNA-binding-competent GlnR dimer. The FBI-GS-GlnR interaction stabilizes the inactive GS conformation. Strikingly, this interaction also favors a remarkable dodecamer to tetradecamer transition in some GS, breaking the paradigm that all bacterial GS are dodecamers. These data thus unveil unique structural mechanisms of transcription and enzymatic regulation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ten.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ten.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7ten.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/7ten ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/7ten | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7tdpSC 7tdvC 7teaC 7tecC 7tf6C 7tf7C 7tf9C 7tfaC 7tfbC 7tfcC 7tfdC 7tfeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50874.691 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (リステリア・モノサイトゲネス) 遺伝子: glnA, BW273_06565, CW834_10155, E3W32_09805, E5H26_02065, FL871_07615, GF092_00575, GIG92_01785, GIH49_01255, HF764_002412 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A5D5GA79, グルタミンシンテターゼ #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-P3S / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 15% PEG 4000, 40 mM potassium phosphate dibasic pH 7.5, 20% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.01 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.01 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→63.88 Å / Num. obs: 62204 / % possible obs: 74.7 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.13 / Rsym value: 0.184 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6451 / CC1/2: 0.323 / Rpim(I) all: 0.966 / Rsym value: 1.15 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7TDP 解像度: 3.5→63.88 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 283.39 Å2 / Biso mean: 113.2813 Å2 / Biso min: 42.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.5→63.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 10.124 Å / Origin y: -44.8282 Å / Origin z: 0.4931 Å
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精密化 TLSグループ |
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