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万見
- PDB-7sn1: Structure of human SARS-CoV-2 neutralizing antibody C1C-A3 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sn1
タイトルStructure of human SARS-CoV-2 neutralizing antibody C1C-A3 Fab
要素
  • neutralizing antibody C1C-A3 Fab heavy chain
  • neutralizing antibody C1C-A3 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / neutralizing antibody / neutralization escape
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.467 Å
データ登録者Pan, J. / Abraham, J. / Clark, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateno grant number 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis for continued antibody evasion by the SARS-CoV-2 receptor binding domain.
著者: Katherine G Nabel / Sarah A Clark / Sundaresh Shankar / Junhua Pan / Lars E Clark / Pan Yang / Adrian Coscia / Lindsay G A McKay / Haley H Varnum / Vesna Brusic / Nicole V Tolan / Guohai Zhou ...著者: Katherine G Nabel / Sarah A Clark / Sundaresh Shankar / Junhua Pan / Lars E Clark / Pan Yang / Adrian Coscia / Lindsay G A McKay / Haley H Varnum / Vesna Brusic / Nicole V Tolan / Guohai Zhou / Michaël Desjardins / Sarah E Turbett / Sanjat Kanjilal / Amy C Sherman / Anand Dighe / Regina C LaRocque / Edward T Ryan / Casey Tylek / Joel F Cohen-Solal / Anhdao T Darcy / Davide Tavella / Anca Clabbers / Yao Fan / Anthony Griffiths / Ivan R Correia / Jane Seagal / Lindsey R Baden / Richelle C Charles / Jonathan Abraham /
要旨: Many studies have examined the impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants on neutralizing antibody activity after they have become dominant strains. Here, we ...Many studies have examined the impact of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants on neutralizing antibody activity after they have become dominant strains. Here, we evaluate the consequences of further viral evolution. We demonstrate mechanisms through which the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) can tolerate large numbers of simultaneous antibody escape mutations and show that pseudotypes containing up to seven mutations, as opposed to the one to three found in previously studied variants of concern, are more resistant to neutralization by therapeutic antibodies and serum from vaccine recipients. We identify an antibody that binds the RBD core to neutralize pseudotypes for all tested variants but show that the RBD can acquire an N-linked glycan to escape neutralization. Our findings portend continued emergence of escape variants as SARS-CoV-2 adapts to humans.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: neutralizing antibody C1C-A3 Fab heavy chain
L: neutralizing antibody C1C-A3 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9192
ポリマ－52,9192
非ポリマー00
水10,881604
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.736, 52.369, 71.394
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 neutralizing antibody C1C-A3 Fab heavy chain


分子量: 27022.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: mature antibody (after somatic hypermutation) from germline gene IGHV3-33
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV3-33 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 (Thermo Fisher Expi293F) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 neutralizing antibody C1C-A3 Fab light chain


分子量: 25896.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: mature antibody (after somatic hypermutation) from germline gene IGKV3-11
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKV3-11 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T (Thermo Fisher Expi293F) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 18% PEG 8000, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, and 0.1 M Tris pH 8.9
PH範囲: 7.5-8.9

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.467→200 Å / Num. obs: 137494 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.19 % / Biso Wilson estimate: 27.486 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 8.45
反射 シェル解像度: 1.467→1.56 Å / 冗長度: 2.17 % / Rmerge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 21177 / CC1/2: 0.336 / Rrim(I) all: 1.217 / Χ2: 0.73 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
O15.1.0モデル構築
XDS20200131データ削減
XDS20200131データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: composite model generated from heavy and light chains from PDB codes 4DGV and 4PTU, respectively.

4dgv

4ptu


解像度: 1.467→55.64 Å / Rfactor Rfree error: 26.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 3478 4.85 %
Rwork0.1779 --
obs0.1793 71663 98.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.467→55.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3301 0 0 604 3905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086760HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0412165HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2020SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1090HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3474HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion455SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies13HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5743SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.88
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.48 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3425 78 -
Rwork0.2995 --
obs0.3018 1434 79.58 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.254-0.1723-0.00990.87711.12861.35990.0015-0.0061-0.0071-0.00610.03910.0276-0.00710.0276-0.0406-0.00260.00110.0044-0.05890.0027-0.0159-64.1017-26.2995-31.1314
20.0718-0.09280.06430.1861-0.01290.04260.03730.0165-0.04380.0165-0.0261-0.0455-0.0438-0.0455-0.01120.0060.0105-0.0008-0.0205-0.0038-0.04-69.8671-36.1563-35.2624
30.31280.2125-0.16140.1923-0.30790.79220.0151-0.04270.0059-0.0427-0.0983-0.10130.0059-0.10130.0832-0.00250.00620.0026-0.0204-0.0023-0.0358-75.0955-31.3718-34.27
40.2977-0.09430.08640.1640.25270.01850.0086-0.0211-0.0073-0.02110.01870.0016-0.00730.0016-0.02740.00490.0060.005-0.0268-0.0001-0.0383-68.1111-35.9816-33.102
51.3711-0.15580.70030.1728-0.08090.58580.02840.0087-0.21550.0087-0.09780.078-0.21550.0780.0694-0.0048-0.0355-0.0209-0.00270.0045-0.0528-46.2775-23.1229-9.9597
60.7325-0.44590.00140.1359-0.4680.4226-0.0153-0.0542-0.0358-0.0542-0.09840.0448-0.03580.04480.1137-0.0355-0.01130.00430.00640.019-0.0316-43.2435-29.1038-13.1262
714.2745-0.54875.81710.0374-1.01212.35660.07-0.1702-0.527-0.1702-0.37680.3136-0.5270.31360.30680.0164-0.05620.00290.07680.0147-0.0083-39.2194-21.1492-15.9472
83.72160.81840.54040.11450.6063-0.24230.15590.1472-0.01580.14720.0119-0.0954-0.0158-0.0954-0.1678-0.0119-0.0061-0.0486-0.02810.0006-0.0126-59.8141-55.2291-18.5121
90.52810.20030.18480.0973-0.02410.11280.00210.01810.01350.0181-0.01130.00020.01350.00020.0092-0.0226-0.0021-0.0039-0.0202-0.0016-0.0188-62.9045-52.9767-27.9883
100.7236-0.74510.37080.0510.49481.5994-0.032-0.0262-0.1256-0.02620.1560.1327-0.12560.1327-0.124-0.0124-0.02270.0093-0.01290.0123-0.0866-46.5761-36.6412-5.3955
110.1973-0.8131-0.27871.01971.38381.64940.02970.02380.04250.0238-0.017-0.06580.0425-0.0658-0.0127-0.0084-0.02530.01220.01150.0038-0.0559-49.8586-40.9754-0.1818
12-0.4174-0.3664-0.25140.24340.86595.2838-0.01950.00090.09650.00090.0873-0.24210.0965-0.2421-0.0678-0.0183-0.002-0.00310.047-0.0009-0.0917-54.5272-32.30283.5309
131.7859-0.73810.18522.84891.09853.6483-0.07740.1161-0.42230.11610.21210.1285-0.42230.1285-0.1347-0.00940.00170.01530.0650.0149-0.0423-46.7523-32.80352.6756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 - H|17 }H1 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|18 - H|59 }H18 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|60 - H|75 }H60 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|76 - H|111 }H76 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5{ H|112 - H|145 }H112 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6{ H|146 - H|191 }H146 - 191
7X-RAY DIFFRACTION7{ H|192 - H|213 }H192 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8{ L|1 - L|18 }L1 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9{ L|19 - L|98 }L19 - 98
10X-RAY DIFFRACTION10{ L|99 - L|137 }L99 - 137
11X-RAY DIFFRACTION11{ L|138 - L|150 }L138 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|151 - L|163 }L151 - 163
13X-RAY DIFFRACTION13{ L|164 - L|212 }L164 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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