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万見
- PDB-7s4r: Serial Macromolecular Crystallography at ALBA Synchrotron Light S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s4r
タイトルSerial Macromolecular Crystallography at ALBA Synchrotron Light Source - alpha Spectrin-SH3 domain
要素Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Serial Crystallography
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / 細胞結合 / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3ドメイン / EF-hand domain pair ...Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3ドメイン / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdbury, S. ...Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdbury, S. / Grieco, A. / Ketawala, G. / Weierstall, U. / Spence, J. / Fromme, P. / Zatsepin, N. / Boer, R. / Carpena, X.
資金援助2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306
Other government2019-T1BMD-15552
引用ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2022
タイトル: Serial macromolecular crystallography at ALBA Synchrotron Light Source.
著者: Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdhury, S. / Grieco, A. / Ketawala, G. / Weierstall, U. / ...著者: Martin-Garcia, J.M. / Botha, S. / Hu, H. / Jernigan, R. / Castellvi, A. / Lisova, S. / Gil, F. / Calisto, B. / Crespo, I. / Roy-Chowdhury, S. / Grieco, A. / Ketawala, G. / Weierstall, U. / Spence, J. / Fromme, P. / Zatsepin, N. / Boer, D.R. / Carpena, X.
履歴
登録2021年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5671
ポリマ－6,5671
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.200, 42.600, 50.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 / Alpha-II spectrin / Fodrin alpha chain


分子量: 6566.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SPTAN1, SPTA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07751
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: Crystals were obtained by applying several concentration/dilution steps with milli-Q water inside standard Amicon Ultra 0.5 ml centrifugal filter (3 kDa cutoff). A crystalline slurry appeared ...詳細: Crystals were obtained by applying several concentration/dilution steps with milli-Q water inside standard Amicon Ultra 0.5 ml centrifugal filter (3 kDa cutoff). A crystalline slurry appeared when most citric acid buffer was removed

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.6 Å / Num. obs: 4682 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 245 % / Biso Wilson estimate: 50.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.9975 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 57 % / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 454 / CC1/2: 0.204 / CC star: 0.5817 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery解説: LCP injection / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionInjector diameter: 5.0E-5 µm
Serial crystallography data reductionFrames failed index: 1145735 / Lattices indexed: 13039

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
CrystFELデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F17

4f17


解像度: 2.1→32.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 8.696 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23989 503 10.9 %RANDOM
Rwork0.19443 ---
obs0.1995 4110 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.56 Å2-0 Å20 Å2
2---3.4 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→32.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数463 0 0 5 468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.018472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7551.891639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9982.7511066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.554555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.82124.16724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8621590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg31.516152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4345.824223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3815.788222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.88.699277
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.8228.738278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0716.503249
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0396.431246
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9149.439361
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.91165.33494
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.91665.6495
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1607 33 -
Rwork0.1741 264 -
obs--88.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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