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- PDB-7rxw: Human Methionine Adenosyltransferase 2A bound to Methylthioadenos... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rxw | |||||||||
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Title | Human Methionine Adenosyltransferase 2A bound to Methylthioadenosine and inhibitor imido-diphosphate (PNP) | |||||||||
![]() | S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / SAM SYNTHETASE / ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fedorov, E. / Niland, C.N. / Schramm, V.L. / Ghosh, A. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Mechanism of Triphosphate Hydrolysis by Human MAT2A at 1.07 angstrom Resolution. Authors: Ghosh, A. / Niland, C.N. / Cahill, S.M. / Karadkhelkar, N.M. / Schramm, V.L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 248.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 198.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7rxvC ![]() 7rxxC ![]() 7l1aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 46279.352 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 418 molecules ![](data/chem/img/MTA.gif)
![](data/chem/img/ALA.gif)
![](data/chem/img/2PN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ALA.gif)
![](data/chem/img/2PN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MTA / ![]() | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-ALA / ![]() | ||||
#4: Chemical | ChemComp-2PN / | ||||
#5: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() | ||||
#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-K / | #8: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.62 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 100 mM ammonium citrate and 12% PEG-3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2020 / Details: KB MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.05→19.89 Å / Num. obs: 160734 / % possible obs: 91.8 % / Redundancy: 11 % / Biso Wilson estimate: 9.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 26.2 / Num. measured all: 1771533 / Scaling rejects: 1452 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | ||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 7L1A Resolution: 1.07→19.89 Å / SU ML: 0.06 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 11.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.95 Å2 / Biso mean: 12.8691 Å2 / Biso min: 5.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.07→19.89 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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