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- PDB-7rg4: Importin alpha2 in complex with p50 NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rg4
タイトルImportin alpha2 in complex with p50 NLS
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • Isoform 3 of Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN/VIRAL PROTEIN / complex / transportin / importin (インポーチン) / TRANSPORT PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / negative regulation of cholesterol transport / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / antibacterial innate immune response / mammary gland involution / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex ...negative regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / negative regulation of cholesterol transport / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / antibacterial innate immune response / mammary gland involution / cellular response to interleukin-17 / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / Sensing of DNA Double Strand Breaks / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of lipid storage / positive regulation of viral life cycle / negative regulation of interleukin-12 production / Regulated proteolysis of p75NTR / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / CLEC7A/inflammasome pathway / NLS-dependent protein nuclear import complex / cellular response to dsRNA / postsynapse to nucleus signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / Interleukin-1 processing / actinin binding / cellular response to angiotensin / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of protein metabolic process / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / positive regulation of miRNA metabolic process / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated NF-kB activation / The NLRP3 inflammasome / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to interleukin-1 / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / JNK cascade / 宿主 / response to muscle stretch / NF-kB is activated and signals survival / CD209 (DC-SIGN) signaling / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / response to cytokine / Activation of NF-kappaB in B cells / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / B cell receptor signaling pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / PKMTs methylate histone lysines / CLEC7A (Dectin-1) signaling / cellular response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of inflammatory response / FCERI mediated NF-kB activation / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / cytoplasmic stress granule / Interleukin-1 signaling / HCMV Early Events / cellular response to nicotine / cellular response to mechanical stimulus / protein import into nucleus / specific granule lumen / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / secretory granule lumen / DNA-binding transcription factor binding / cellular response to lipopolysaccharide / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / postsynaptic density / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 炎症 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / glutamatergic synapse / apoptotic process / chromatin binding / クロマチン / Neutrophil degranulation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / extracellular region / 核質 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...: / Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Immunoglobulin E-set / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Smith, K.M. / Tsimbalyuk, S. / Aragao, D. / Forwood, J.K.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP2003636 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: MERS-CoV ORF4b employs an unusual binding mechanism to target IMP alpha and block innate immunity.
著者: Munasinghe, T.S. / Edwards, M.R. / Tsimbalyuk, S. / Vogel, O.A. / Smith, K.M. / Stewart, M. / Foster, J.K. / Bosence, L.A. / Aragao, D. / Roby, J.A. / Basler, C.F. / Forwood, J.K.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Importin subunit alpha-1
B: Isoform 3 of Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2442
ポリマ－60,2442
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.015, 89.748, 97.204
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 55268.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Isoform 3 of Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit / DNA-binding factor KBF1 / EBP-1 / Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 1


分子量: 4975.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFKB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19838

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.7 M sodium citrate, 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.92 Å / Num. obs: 21620 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 55.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 1.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2587 / Rpim(I) all: 0.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.19rc4_4035モデル構築
PHENIX1.19rc4_4035精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BVT

6bvt


解像度: 2.6→29.92 Å / SU ML: 0.4112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.5483
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 1179 5.47 %
Rwork0.2165 20375 -
obs0.218 21554 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3318 0 0 0 3318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00193375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47334592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0353553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.16271242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.45551380.39652496X-RAY DIFFRACTION99.92
2.72-2.860.37941400.3162509X-RAY DIFFRACTION99.81
2.86-3.040.33531180.27212529X-RAY DIFFRACTION99.89
3.04-3.270.2651390.25922533X-RAY DIFFRACTION99.85
3.28-3.60.25521440.22722533X-RAY DIFFRACTION99.96
3.6-4.120.20571710.1872525X-RAY DIFFRACTION99.93
4.12-5.190.19251600.18032573X-RAY DIFFRACTION100
5.19-29.920.22641690.18482677X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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