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- PDB-7pl0: Crystal structure of a DyP-type peroxidase 5G5 variant from Bacil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pl0
タイトルCrystal structure of a DyP-type peroxidase 5G5 variant from Bacillus subtilis
要素Deferrochelatase/peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dye-decolorizing Peroxidase / Bacillus subtilis / Directed evolution / high-throughput screening / phenolic compounds
機能・相同性
機能・相同性情報


iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TAT (twin-arginine translocation) pathway signal sequence / Deferrochelatase / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Deferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Borges, P.T. / Rodrigues, C. / Silva, D. / Taborda, A. / Brissos, V. / Frazao, C. / Martins, L.O.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionB-LigZymes H2020-MSCA-RISE 2018 英国
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BII-BBF/29564/2017 英国
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BBBEBB/0122/2014 英国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Loops around the Heme Pocket Have a Critical Role in the Function and Stability of Bs DyP from Bacillus subtilis .
著者: Rodrigues, C.F. / Borges, P.T. / Scocozza, M.F. / Silva, D. / Taborda, A. / Brissos, V. / Frazao, C. / Martins, L.O.
履歴
登録2021年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deferrochelatase/peroxidase
B: Deferrochelatase/peroxidase
C: Deferrochelatase/peroxidase
D: Deferrochelatase/peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,6258
ポリマ－183,1594
非ポリマー2,4664
水15,006833
1
A: Deferrochelatase/peroxidase
B: Deferrochelatase/peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8124
ポリマ－91,5792
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area27840 Å2
手法PISA
2
C: Deferrochelatase/peroxidase
D: Deferrochelatase/peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8124
ポリマ－91,5792
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.852, 114.760, 116.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 56 through 111 or resid 117 through 414))
21chain B
31(chain C and (resid 56 through 111 or resid 117 through 414))
41(chain D and (resid 56 through 308 or resid 322 through 414))
12chain Y
22chain Z

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 56 through 111 or resid 117 through 414))AA56 - 11156 - 111
121ARGARGLEULEU(chain A and (resid 56 through 111 or resid 117 through 414))AA117 - 414117 - 414
211GLUGLULEULEUchain BBB56 - 41456 - 414
311GLUGLULYSLYS(chain C and (resid 56 through 111 or resid 117 through 414))CC56 - 11156 - 111
321ARGARGLEULEU(chain C and (resid 56 through 111 or resid 117 through 414))CC117 - 414117 - 414
411GLUGLUGLYGLY(chain D and (resid 56 through 308 or resid 322 through 414))DD56 - 30856 - 308
421PROPROLEULEU(chain D and (resid 56 through 308 or resid 322 through 414))DD322 - 414322 - 414
112HEMHEMHEMHEMchain YDH501
212HEMHEMHEMHEMchain ZCG501

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Deferrochelatase/peroxidase


分子量: 45789.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_2151, CFD21_01545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A162R372, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 25% (w/v) PEG 4K, 0.2 M magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→61.96 Å / Num. obs: 92499 / % possible obs: 97.13 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 9.02
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Num. unique obs: 15038 / CC1/2: 0.478 / Rpim(I) all: 0.352 / Rrim(I) all: 0.1112 / Rsym value: 0.532

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PKX

7pkx


解像度: 2.1→61.96 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2152 2004 2.17 %
Rwork0.1907 90478 -
obs0.1912 92482 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 128.73 Å2 / Biso mean: 42.1098 Å2 / Biso min: 13.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→61.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10725 0 172 833 11730
Biso mean--30.52 43.22 -
残基数----1380
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6569X-RAY DIFFRACTION10.146TORSIONAL
12B6569X-RAY DIFFRACTION10.146TORSIONAL
13C6569X-RAY DIFFRACTION10.146TORSIONAL
14D6569X-RAY DIFFRACTION10.146TORSIONAL
21D16X-RAY DIFFRACTION10.146TORSIONAL
22C16X-RAY DIFFRACTION10.146TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.150.33061400.3226466660697
2.15-2.210.32691420.28976552669499
2.21-2.280.3121460.27896523666999
2.28-2.350.2831410.26356574671599
2.35-2.430.27811440.25956545668999
2.43-2.530.28621370.23916542667999
2.53-2.650.24121560.22946571672799
2.65-2.790.24051460.22126522666899
2.79-2.960.22941430.21256519666298
2.96-3.190.22321500.19496484663497
3.19-3.510.19581460.18056370651696
3.51-4.020.2081360.15255950608689
4.02-5.060.15631390.13486452659196
5.06-61.960.17061380.16066408654694
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.952.43563.95819.5446-2.31153.38280.36150.9071-0.9113-1.2699-0.1766-2.07330.52930.7317-0.30320.32870.11360.11870.47210.01360.529441.764-20.514413.9439
21.27860.6224-0.26141.9580.20241.50970.0469-0.1664-0.14220.125-0.1434-0.2537-0.06080.12060.09220.2159-0.01210.00840.22710.06250.242129.5346-13.961619.538
32.6913-1.1072-1.62575.70980.83978.54680.1369-0.1983-0.12880.63150.0724-0.25540.2087-0.1609-0.12030.3111-0.0409-0.05910.29280.10130.343328.8578-21.935930.8287
41.47641.0098-1.39122.6423-2.96634.0255-0.1299-1.0162-0.8507-0.2920.2036-0.66521.06920.0787-0.20710.5342-0.0332-0.06560.85110.12590.772534.9815-38.523122.8841
53.06172.5604-4.44774.5443-6.02898.6450.0623-0.1809-0.3874-0.1699-0.3873-0.3114-0.01820.4180.33180.40790.01480.01160.27510.02960.323427.9323-37.23519.8416
63.8944-1.7705-3.42321.82361.92165.02340.166-0.126-0.21360.0495-0.32010.1735-0.393-0.08420.16730.2672-0.02890.02980.2730.02320.247622.4065-11.235129.6815
75.3224-0.9357-0.8854.9066-5.12326.20790.5338-0.13830.05990.79960.11310.7079-1.5378-0.8998-0.45620.5976-0.0520.03010.36140.03030.28824.6697-0.486435.1418
87.58261.05684.0775.43373.47755.3523-0.085-0.16610.0753-0.1984-0.11780.6172-0.4864-0.55420.20020.29540.03860.09390.38580.02670.280311.537-1.339918.6894
90.08040.31160.32782.9631-1.41331.73260.1185-0.0494-0.031-0.0738-0.13-0.1763-0.07330.16260.02210.2239-0.00080.04850.27970.010.274324.5291-16.251912.9585
102.64380.0842-0.00261.6227-1.35373.36170.1854-0.19180.040.1094-0.3075-0.3019-0.19620.39130.12250.2998-0.04740.0290.22080.02030.273334.0445-1.067120.8841
113.64240.51030.03583.9831-1.5028.1290.16570.28680.0577-0.5529-0.0570.1999-0.4096-0.2545-0.1550.32160.11190.01530.30090.00620.247715.5986-0.6101-3.5037
121.43250.7640.32212.94380.39122.1657-0.05790.17550.233-0.40130.0125-0.1026-0.4618-0.04370.0290.35550.06180.05990.27220.04280.284725.56124.30314.1494
138.1148-2.5348-0.31021.12471.5347.8349-0.8018-1.21820.5561.33840.30590.5993-1.0367-0.23810.58290.470.10260.01110.468-0.00860.50457.2823-13.20161.855
141.66250.87040.90442.0606-0.45712.02980.0693-0.10030.040.1969-0.1533-0.0595-0.2329-0.01360.10770.3340.03180.05810.25020.00770.233923.35091.454216.2327
152.6819-0.39861.58133.1094-1.93033.97180.1639-0.0650.01410.208-0.16-0.0632-0.22350.10380.0080.2060.00980.06080.2054-0.02510.193624.1241-5.367720.5314
163.7496-2.7757-0.68049.3521-1.42922.0330.09650.1581-0.7409-0.6334-0.0151-0.6299-0.37610.83440.00050.340.03960.14140.38210.0580.28131.2478-23.956-14.3275
171.47430.07230.37472.0261-0.3533.06180.05930.15130.0061-0.2715-0.10230.1908-0.0831-0.1860.05760.32540.0433-0.00220.2533-0.01580.25114.4665-24.5938-13.815
189.8866-3.21665.46767.4484-0.34647.5268-0.23540.7670.2744-0.4283-0.1674-0.3943-0.40820.44330.43410.43680.02720.07590.30180.04490.274821.4108-17.3198-18.569
191.15210.41440.1380.20680.12490.17330.18460.61280.6128-0.4166-0.3461-0.4065-0.1282-0.05290.18560.8260.0329-0.01870.43560.08420.400521.0489-0.6377-15.5344
202.14650.70820.62012.98180.9022.76320.13890.0824-0.117-0.1447-0.07830.3219-0.0633-0.4056-0.02140.29950.07820.00370.2770.01590.189111.4925-23.3504-13.3826
211.28691.5741-0.43584.02910.15465.59780.1497-0.02170.03830.0050.03650.4151-0.0652-0.4199-0.11940.25020.0498-0.0650.3776-0.00530.41582.8888-34.3149-6.6847
221.91040.01851.44414.74021.24813.93560.0477-0.05820.1098-0.1807-0.14040.1598-0.1834-0.26330.10590.26180.03740.06720.25780.01230.227817.062-16.978-7.9134
230.0703-0.31080.32932.8251-0.77642.73430.06140.1091-0.102-0.0994-0.2422-0.2310.14190.38930.14420.1761-0.00990.02940.26410.01920.256322.9143-30.64754.5456
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+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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