PDB-7ozt: Nanobodies restore stability to cancer-associated mutants of tumo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ozt

タイトル

Nanobodies restore stability to cancer-associated mutants of tumor suppressor protein p16INK4a

要素

Camelid nanobody NB09
Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / nanobody-p16INK4A complex / tumour-suppressor / Checkpoint /

pharmacological chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

senescence-associated heterochromatin focus / positive regulation of macrophage apoptotic process / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 / Evasion of Oncogene Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / Evasion of Oxidative Stress Induced Senescence Due to Defective p16INK4A binding to CDK4 and CDK6 / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Lama glama (ラマ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Pastok, M.W. / Burbidge, O. / Itzhaki, L. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nanobodies restore stability to cancer-associated mutants of tumor suppressor protein p16INK4a
著者: Burbidge, O. / Pastok, M.W. / Hodder, S.L. / Zenkeviciute, G. / Noble, M.E.M. / Endicott, J.A. / Itzhaki, L.

履歴

登録	2021年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ozt.cif.gz	177.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ozt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ozt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7ozt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bi7S 3ogoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (6) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (6)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Camelid nanobody NB09

BBB: Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.119, 182.931, 65.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-236- HOH
2	1	BBB-245- HOH

#1: 抗体	Camelid nanobody NB09 分子量: 14208.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMESy4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2
#2: タンパク質	Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A / Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor A / CDK4I / Multiple tumor suppressor 1 / MTS-1 / p16-INK4a / ...Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor A / CDK4I / Multiple tumor suppressor 1 / MTS-1 / p16-INK4a / p16-INK4 / p16INK4A 分子量: 18701.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDKN2A, CDKN2, MTS1 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: P42771
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen condition G4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97622 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→91.47 Å / Num. obs: 26446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.04-91.47	5.6	0.046	239	0.999	0.029	0.055
1.74-1.77	6.2	0.878	1412	0.361	0.582	1.058

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BI7, 3OGO

1bi7

3ogo

解像度: 1.74→91.465 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 6.123 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2086	930	3.519 %	Random selection
R_work	0.1798	25497	-	-
all	0.181	-	-	-
obs	-	26427	99.996 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.959 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.175 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.038 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.137 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→91.465 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1854	0	0	90	1944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.081	1.639	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.41	1.579	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.884	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.079	19.714	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.269	15	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.676	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	896
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.006	2.258	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.979	2.254	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.184	3.37	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.186	3.374	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.382	2.758	913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.38	2.761	914
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.461	3.964	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.459	3.968	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.946	26.785	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.927	26.713	2006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
1.74-1.785		0	0.327	1911	0.327	1911	0.774	100	0.324
1.785-1.834		0	0.297	1885	0.297	1885	0.799	100	0.292
1.834-1.887		0	0.284	1822	0.284	1822	0.819	100	0.277
1.887-1.945		0	0.275	1766	0.275	1766	0.844	100	0.261
1.945-2.009	0.259	13	0.228	1727	0.228	1740	0.888	100	0.209	0.879
2.009-2.08	0.239	83	0.221	1576	0.222	1659	0.904	100	0.202	0.894
2.08-2.158	0.226	84	0.205	1514	0.206	1598	0.918	100	0.184	0.923
2.158-2.246	0.185	98	0.194	1464	0.194	1562	0.93	100	0.171	0.925
2.246-2.346	0.226	69	0.174	1436	0.177	1505	0.941	100	0.155	0.93
2.346-2.46	0.197	55	0.169	1351	0.17	1406	0.95	100	0.152	0.946
2.46-2.593	0.205	89	0.163	1296	0.166	1385	0.954	100	0.149	0.941
2.593-2.751	0.209	59	0.167	1219	0.169	1278	0.958	100	0.159	0.948
2.751-2.94	0.224	64	0.179	1156	0.181	1220	0.956	100	0.17	0.951
2.94-3.176	0.189	68	0.171	1073	0.172	1142	0.963	99.9124	0.168	0.965
3.176-3.478	0.178	57	0.154	1007	0.155	1064	0.973	100	0.158	0.968
3.478-3.888	0.201	66	0.142	891	0.146	957	0.978	100	0.152	0.966
3.888-4.488	0.225	34	0.12	810	0.124	844	0.982	100	0.134	0.957
4.488-5.494	0.212	25	0.141	719	0.143	744	0.978	100	0.158	0.965
5.494-7.755	0.293	40	0.184	543	0.191	583	0.962	100	0.205	0.925
7.755-91.465	0.147	26	0.165	330	0.164	356	0.967	100	0.194	0.981

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1624	0.0131	-0.2545	1.868	0.0223	0.4043	-0.0025	-0.0431	0.0152	0.0069	0.0351	0.1077	0.0057	0.0552	-0.0326	0.0015	0.0062	0.0051	0.0527	0.0383	0.0476	-8.249	12.4238	2.5774
2	0.7638	-0.1098	-0.2744	0.759	0.0369	0.2977	-0.0197	-0.0274	0.0299	0.116	0.0424	-0.0309	-0.0206	0.0377	-0.0226	0.0217	0.0004	-0.0017	0.0392	-0.0184	0.0186	4.373	35.3509	-2.7296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	10 - 134

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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