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- PDB-7onk: Crystal structure of PBP3 from P. aeruginosa in complex with AIC499 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7onk | ||||||
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Title | Crystal structure of PBP3 from P. aeruginosa in complex with AIC499 | ||||||
![]() | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Freischem, S. / Grimm, I. / Weiergraeber, O.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Interaction Mode of the Novel Monobactam AIC499 Targeting Penicillin Binding Protein 3 of Gram-Negative Bacteria. Authors: Freischem, S. / Grimm, I. / Lopez-Perez, A. / Willbold, D. / Klenke, B. / Vuong, C. / Dingley, A.J. / Weiergraber, O.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 474.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 343.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7onnC ![]() 7onoC ![]() 7onwC ![]() 7onxC ![]() 7onyC ![]() 7onzC ![]() 3oc2S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 57615.797 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: ftsI, pbpB, PA4418 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: G3XD46, ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ![]() #4: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.48 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 14 mg/ml PBP3, 20% (v/v) Jeffamine M-2070, 20% (v/v) DMSO, 0.5 mM AIC499 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 18, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.73→46.92 Å / Num. obs: 85337 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.731→1.901 Å / Redundancy: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4267 / CC1/2: 0.624 / Rrim(I) all: 0.925 / % possible all: 64.8 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3OC2 Resolution: 1.73→46.92 Å / SU ML: 0.1605 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.2572 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.73→46.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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