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Yorodumi- PDB-7onn: Crystal structure of PBP3 transpeptidase domain from E. coli in c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7onn | ||||||
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Title | Crystal structure of PBP3 transpeptidase domain from E. coli in complex with AIC499 | ||||||
Components | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / monobactam / PBP3 / peptidoglycan synthesis / drug complex / transpeptidase domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information divisome complex / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / cell division site / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization ...divisome complex / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / cell division site / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to xenobiotic stimulus / cell division / proteolysis / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.92 Å | ||||||
Authors | Freischem, S. / Grimm, I. / Weiergraeber, O.H. | ||||||
Citation | Journal: Biomolecules / Year: 2021 Title: Interaction Mode of the Novel Monobactam AIC499 Targeting Penicillin Binding Protein 3 of Gram-Negative Bacteria. Authors: Freischem, S. / Grimm, I. / Lopez-Perez, A. / Willbold, D. / Klenke, B. / Vuong, C. / Dingley, A.J. / Weiergraber, O.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7onn.cif.gz | 174.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7onn.ent.gz | 137 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7onn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7onn_validation.pdf.gz | 430.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7onn_full_validation.pdf.gz | 429.4 KB | Display | |
Data in XML | 7onn_validation.xml.gz | 10.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7onn_validation.cif.gz | 16.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7onn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7onn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7onkC 7onoC 7onwC 7onxC 7onyC 7onzC 4bjpS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43696.766 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: ftsI, pbpB, b0084, JW0082 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P0AD68, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-VL5 / ( | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 56.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 10 mg/ml PBP3, 0.1 M MES, 25% (w/v) PEG 1000, 0.5 mM AIC499 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 18, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.92→47.8 Å / Num. obs: 18221 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 41.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 24.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.92→2.22 Å / Redundancy: 14.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 911 / CC1/2: 0.783 / Rrim(I) all: 1.602 / % possible all: 74.3 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4BJP Resolution: 1.92→47.8 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 37.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 131.23 Å2 / Biso mean: 51.2242 Å2 / Biso min: 25.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.92→47.8 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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