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- PDB-7obn: Structural investigations of a new L3 DNA ligase: structure-funct... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7obn
タイトルStructural investigations of a new L3 DNA ligase: structure-function analysis
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA ligaseDNAリガーゼ
  • DNA/RNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC))-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA ligase (DNAリガーゼ) / structure-function analysis
機能・相同性アデニル酸 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Leiros, H.-K.S. / Williamson, A.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden Fund18-UOW-034 A.W ニュージーランド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Bacteriophage origin of some minimal ATP-dependent DNA ligases: a new structure from Burkholderia pseudomallei with striking similarity to Chlorella virus ligase.
著者: Pan, J. / Lian, K. / Sarre, A. / Leiros, H.S. / Williamson, A.
履歴
登録2021年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: DNA/RNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC))-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0185
ポリマ－48,5753
非ポリマー4432
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.473, 45.552, 111.459
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.939, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6494.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA/RNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC))-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')


分子量: 6422.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ATTGCGAC(OMC)CCACTATCGGAA / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA ligase / DNAリガーゼ


分子量: 35658.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 62分子

#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 26% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→48.31 Å / Num. obs: 22036 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 56.09 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2031 / CC1/2: 0.578 / Rpim(I) all: 0.724 / % possible all: 72.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2q2t

2q2t


解像度: 2.45→24.62 Å / SU ML: 0.4313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.9236
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 2022 9.2 %
Rwork0.2567 19948 -
obs0.259 21970 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→24.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2349 857 27 60 3293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01153403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.89184779
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0737514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0129475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.2849748
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.510.40211240.37971127X-RAY DIFFRACTION76.09
2.51-2.580.35961070.36721241X-RAY DIFFRACTION84.67
2.58-2.650.36741530.35831401X-RAY DIFFRACTION95.4
2.66-2.740.41821640.38441421X-RAY DIFFRACTION99.44
2.74-2.840.39161420.34131486X-RAY DIFFRACTION99.69
2.84-2.950.35041400.31981444X-RAY DIFFRACTION98.75
2.95-3.090.35351510.31821446X-RAY DIFFRACTION97.56
3.09-3.250.31351520.2841467X-RAY DIFFRACTION99.08
3.25-3.450.29091610.25251445X-RAY DIFFRACTION99.2
3.45-3.720.28391420.26591477X-RAY DIFFRACTION98.54
3.72-4.090.28541410.24441463X-RAY DIFFRACTION98.59
4.09-4.680.23911520.19931475X-RAY DIFFRACTION99.33
4.68-5.880.22951470.22521498X-RAY DIFFRACTION99.1
5.88-24.620.22841460.22161557X-RAY DIFFRACTION98.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8261870792-1.13899055462-0.2255052738860.5756606304090.3005057544460.555240065744-0.1364639892130.09387233339320.496335503265-0.06286189299160.06479858558720.1464915950530.160164474801-1.031812453720.0001905956679320.3578863267070.139424091886-0.0273355322980.6623017867140.01825777518350.597559004324-49.8624769757-8.9927258373823.9581960978
21.19109785072-0.2173289230421.320929811250.620984597565-0.165282260751.16465233607-0.808705938799-0.745457881567-0.819746877332-0.3007199671990.950694590782-0.765856006871-0.1487294999431.62852582955-0.09094406349050.3187386174920.4527968715960.1007065611281.43591922722-0.07903102359910.868819253322-18.5076891923-16.281805099425.6424778157
33.22954983041-0.3835943848521.146954818930.467261508465-0.6620551988291.010591352510.3274877300840.7598365027320.06699520253760.366270524462-0.344409985101-0.904635524721-0.4211026410250.578012196186-0.02462879819570.4430494598360.436931785502-0.06094149756611.06366602533-0.1013061510640.777234217191-18.7262565314-16.587639784326.3694919871
43.486080234260.121941479162-1.162215871711.52333331691-0.404642817781.65166255326-0.043717102059-0.2692333104410.859675919576-0.01859573505750.08193372009940.69081811005-0.117046138204-0.6424920857840.02223167490170.348045468790.05274328578850.09712780206690.5837133705690.01077377778390.707678585056-50.9465270577-8.4842553263523.1732221597
50.593771891067-0.145343300298-0.39844105711.811594056440.5244442414412.802283785410.0996662497222-0.3403174842350.04982936573420.5277249211520.122891053351-0.07429800622490.4171144663030.535163858911-0.01863387257820.6373831006010.160790771067-0.1245785808390.4634931227980.007075411425580.36406184821-35.0902345048-7.8523696722842.0174520224
61.06392281339-0.44947599392-0.6215141378891.729389973630.9557344015920.9918153455050.386919070481-0.2841726252250.1638242974891.634720977160.177244250613-0.6907488845751.127086232471.17217323380.2057322895340.6211840002290.289076135016-0.359853290571.07525138633-0.01398042573840.389760963759-23.10949839-8.7073826444745.1449128865
71.90791350967-0.269253421875-1.06122744373.802294536010.939730879922.967296747770.22965408271-0.3742806816570.2353156710590.6304906275440.0987029302586-0.0225527585733-0.6332395904850.298201166254-0.1270177613870.726704533925-0.01291468228180.01324486911730.420984337807-0.009146100073530.338399274361-37.94865275270.63424036336246.1689621671
81.848561033990.16240110003-0.4567284893513.3463229312-0.2450805048453.874815718350.00062076490478-0.1758578280160.0255323365141-0.1516586554480.0638321195604-0.2304204070270.0379880586180.2145524667050.02980140672310.3984071412920.03670993646660.03995449972710.30208256202-0.003879083162510.335294293191-30.7667651085-3.6188494558513.2720737475
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 1 through 10 )BA1 - 10
22chain 'B' and (resid 11 through 21 )BA11 - 21
33chain 'C' and (resid 22 through 32 )CB22 - 32
44chain 'C' and (resid 33 through 42 )CB33 - 42
55chain 'A' and (resid 2 through 59 )AD2 - 591 - 58
66chain 'A' and (resid 60 through 102 )AD60 - 10259 - 97
77chain 'A' and (resid 103 through 200 )AD103 - 20098 - 186
88chain 'A' and (resid 201 through 318 )AD201 - 318187 - 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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