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Yorodumi- PDB-7obn: Structural investigations of a new L3 DNA ligase: structure-funct... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7obn | ||||||
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Title | Structural investigations of a new L3 DNA ligase: structure-function analysis | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN / DNA ligase / structure-function analysis | ||||||
Function / homology | ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia pseudomallei (bacteria) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Leiros, H.-K.S. / Williamson, A. | ||||||
Funding support | New Zealand, 1items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2021 Title: Bacteriophage origin of some minimal ATP-dependent DNA ligases: a new structure from Burkholderia pseudomallei with striking similarity to Chlorella virus ligase. Authors: Pan, J. / Lian, K. / Sarre, A. / Leiros, H.S. / Williamson, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7obn.cif.gz | 220.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7obn.ent.gz | 144.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7obn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obn | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2q2tS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#1: DNA chain | Mass: 6494.194 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Synthetic DNA / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) |
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#2: DNA chain | Mass: 6422.177 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: ATTGCGAC(OMC)CCACTATCGGAA / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) |
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#3: Protein | Mass: 35658.406 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia pseudomallei (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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-Non-polymers , 3 types, 62 molecules
#4: Chemical | ChemComp-AMP / |
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#5: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 26% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 18, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→48.31 Å / Num. obs: 22036 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 56.09 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 7.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2031 / CC1/2: 0.578 / Rpim(I) all: 0.724 / % possible all: 72.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2q2t Resolution: 2.45→24.62 Å / SU ML: 0.4313 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.9236 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 72.73 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→24.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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