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- PDB-7oal: Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7oal | ||||||
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Title | Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 25 | ||||||
![]() | Peripheral plasma membrane protein CASK | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chaikuad, A. / Russ, N. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Design and Development of a Chemical Probe for Pseudokinase Ca 2+ /calmodulin-Dependent Ser/Thr Kinase. Authors: Russ, N. / Schroder, M. / Berger, B.T. / Mandel, S. / Aydogan, Y. / Mauer, S. / Pohl, C. / Drewry, D.H. / Chaikuad, A. / Muller, S. / Knapp, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 490.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 403.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7oaiC ![]() 7oajC ![]() 7oakC ![]() 7oamC ![]() 3c0iS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 6 - 303 / Label seq-ID: 22 - 319
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 39505.445 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O14936, ![]() #2: Chemical | ChemComp-V62 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.55 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 9% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M KCl, 0.1 M MES, pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.17→46.11 Å / Num. obs: 65093 / % possible obs: 92.2 % / Redundancy: 3.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/av σ(I): 6 / Net I/σ(I): 6 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3C0I Resolution: 2.17→46.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 17.619 / SU ML: 0.22 / SU R Cruickshank DPI: 0.3404 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.251 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.97 Å2 / Biso mean: 38.404 Å2 / Biso min: 20.32 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.17→46.11 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.17→2.226 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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