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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mrm | ||||||
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Title | Chicken CNTN3 APP complex | ||||||
![]() | Fusion protein of Chicken CNTN3 FN1-FN2 domains and Amyloid-beta A4 protein,Amyloid-beta A4 protein![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Golgi-associated vesicle / transition metal ion binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bouyain, S. / Karuppan, S.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Members of the vertebrate contactin and amyloid precursor protein families interact through a conserved interface. Authors: Karuppan, S.J. / Vogt, A. / Fischer, Z. / Ladutska, A. / Swiastyn, J. / McGraw, H.F. / Bouyain, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 340.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 245.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7mqyC ![]() 7mrkC ![]() 7mrnC ![]() 7mroC ![]() 7mrqC ![]() 7mrsC ![]() 3ktmS ![]() 5e4qS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 43415.352 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.74 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100 mM Na-acetate pH 5.5, 1.1 M Li2SO4, 3% (w/v) sucrose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 25, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.75→29.87 Å / Num. obs: 30550 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 49.22 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 7.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.9 Å / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4407 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.275 / Rrim(I) all: 0.753 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3KTM, 5E4Q Resolution: 2.75→29.87 Å / SU ML: 0.345 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.1439 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→29.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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