+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mrk | ||||||
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Title | Chicken CNTN4 APP complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / Ig superfamily / amyloid precursor protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information Golgi-associated vesicle / transition metal ion binding / axon guidance / serine-type endopeptidase inhibitor activity / heparin binding / nervous system development / cell adhesion / apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface ...Golgi-associated vesicle / transition metal ion binding / axon guidance / serine-type endopeptidase inhibitor activity / heparin binding / nervous system development / cell adhesion / apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / nucleus / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Bouyain, S. / Karuppan, S.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2021 Title: Members of the vertebrate contactin and amyloid precursor protein families interact through a conserved interface. Authors: Karuppan, S.J. / Vogt, A. / Fischer, Z. / Ladutska, A. / Swiastyn, J. / McGraw, H.F. / Bouyain, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mrk.cif.gz | 415.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7mrk.ent.gz | 281.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mrk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mrk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7mqyC 7mrmC 7mrnC 7mroC 7mrqC 7mrsC 3ktmS 5e4sS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20582.480 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: E1 domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9DGJ7 #2: Protein | Mass: 33558.238 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: domains FN1-FN3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: CNTN4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: F1P3U6 #3: Chemical | ChemComp-PEG / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 150 mM (NH4)2SO4, 50 mM Na-cacodylate pH 6.5, 30% (v/v) PEG 550 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Nov 10, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→64.14 Å / Num. obs: 82428 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 35.78 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4511 / CC1/2: 0.805 / Rpim(I) all: 0.326 / Rrim(I) all: 0.839 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KTM, 5E4S Resolution: 2.05→32.41 Å / SU ML: 0.2393 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 22.7305 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→32.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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