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Yorodumi- PDB-6krz: Crystal structure of the human adiponectin receptor 1 D208A mutant -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6krz | |||||||||
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Title | Crystal structure of the human adiponectin receptor 1 D208A mutant | |||||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / membrane protein / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / fatty acid oxidation ...adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / fatty acid oxidation / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of cell growth / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein kinase binding / membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.05 Å | |||||||||
Authors | Tanabe, H. / Fujii, Y. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Yamauchi, T. / Kadowaki, T. / Yokoyama, S. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2020 Title: Human adiponectin receptor AdipoR1 assumes closed and open structures. Authors: Tanabe, H. / Fujii, Y. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kano, K. / Kawana, H. / Hato, M. / Nakamura, Y. / Terada, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Aoki, J. ...Authors: Tanabe, H. / Fujii, Y. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kano, K. / Kawana, H. / Hato, M. / Nakamura, Y. / Terada, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Aoki, J. / Yamauchi, T. / Kadowaki, T. / Yokoyama, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6krz.cif.gz | 758.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6krz.ent.gz | 528.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6krz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ks0C 6ks1C 3wxv S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 34996.789 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: D208A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ADIPOR1, PAQR1, TESBP1A, CGI-45 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: Q96A54 |
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-Antibody , 2 types, 6 molecules DFHEGI
#2: Antibody | Mass: 13160.635 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Antibody | Mass: 11647.850 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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-Non-polymers , 5 types, 99 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 7.5 / Details: PEG 400, tris, lithium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2015 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.048→47.9 Å / Num. obs: 47972 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 70.01 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Rpim(I) all: 0.114 / Rrim(I) all: 0.284 / Net I/σ(I): 7 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3WXV 3wxv Resolution: 3.05→47.9 Å / SU ML: 0.428 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.0443 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 74.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.05→47.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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