+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mpv | ||||||
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Title | CmcC from Type II Cut MCP | ||||||
Components | BMC domain-containing protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / microcompartment / MCP / shell protein / Cut MCP / choline utilization | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.292 Å | ||||||
Authors | Ochoa, J.M. / Mijares, O. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2021 Title: Structural characterization of hexameric shell proteins from two types of choline-utilization bacterial microcompartments Authors: Ochoa, J.M. / Mijares, O. / Acosta, A.A. / Escoto, X. / Leon-Rivera, N. / Marshall, J.D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7mpv.cif.gz | 374.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7mpv.ent.gz | 310.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7mpv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10415.908 Da / Num. of mol.: 12 / Mutation: K25A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: pduA_3, pduA / Plasmid: pET-22b(+) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8G9V7 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% PEG 8000, 8% Ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9786 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 18, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→91.46 Å / Num. obs: 41777 / % possible obs: 93.2 % / Redundancy: 3.65 % / Biso Wilson estimate: 47.53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.909 / Net I/σ(I): 8.69 / Num. measured all: 152490 / Scaling rejects: 35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: D_1000255588 Resolution: 2.292→91.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.424 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.391 / SU Rfree Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.264
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Displacement parameters | Biso max: 118.22 Å2 / Biso mean: 70.11 Å2 / Biso min: 33.53 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.292→91.46 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.292→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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