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Yorodumi- PDB-4p2s: Alanine Scanning Mutagenesis Identifies an Asparagine-Arginine-Ly... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p2s | ||||||
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Title | Alanine Scanning Mutagenesis Identifies an Asparagine-Arginine-Lysine Triad Essential to Assembly of the Shell of the Pdu Microcompartment | ||||||
Components | Putative propanediol utilization protein PduA | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Microcompartment / 1 / 2-propanediol / Carboxysome / B12 | ||||||
Function / homology | BMC (bacterial microcompartment) domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Saintpaul str. SARA26 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.94 Å | ||||||
Authors | Sinha, S. / Cheng, S. / Sung, Y.W. / McNamara, D.E. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2014 Title: Alanine Scanning Mutagenesis Identifies an Asparagine-Arginine-Lysine Triad Essential to Assembly of the Shell of the Pdu Microcompartment. Authors: Sinha, S. / Cheng, S. / Sung, Y.W. / McNamara, D.E. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p2s.cif.gz | 299.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p2s.ent.gz | 246.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p2s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/4p2s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ppdC 3ngkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10506.132 Da / Num. of mol.: 9 / Mutation: K26A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: synthetic gene Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Saintpaul str. SARA26 (bacteria) Gene: SES26_19178 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): RIL / References: UniProt: V1FW89 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.02 Å3/Da / Density % sol: 69.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 2.2 M ammonium sulfate and 0.2 M potassium formate. Crystals took about 3-7 days to develop |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9797 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.94→100 Å / Num. all: 89887 / Num. obs: 89887 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 0.952 / Net I/av σ(I): 15.69 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 372311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NGK Resolution: 1.94→67.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9434 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9413 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.106
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Displacement parameters | Biso max: 225.53 Å2 / Biso mean: 47.7 Å2 / Biso min: 14.67 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.94→67.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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