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- PDB-7mmx: CutN from Type I Cut MCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mmx
タイトルCutN from Type I Cut MCP
要素Propanediol utilization protein PduA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / microcompartment / MCP / shell protein / Cut MCP / choline utilization
機能・相同性bacterial microcompartment / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Propanediol utilization protein PduA
機能・相同性情報
生物種Streptococcus intermedius SK54 = ATCC 27335 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ochoa, J.M. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of hexameric shell proteins from two types of choline-utilization bacterial microcompartments
著者: Ochoa, J.M. / Mijares, O. / Acosta, A.A. / Escoto, X. / Leon-Rivera, N. / Marshall, J.D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
C: Propanediol utilization protein PduA
D: Propanediol utilization protein PduA
E: Propanediol utilization protein PduA
F: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,94310
ポリマ－61,5596
非ポリマー3844
水3,081171
1
A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
C: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
C: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,13512
ポリマ－61,5596
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
2
D: Propanediol utilization protein PduA
E: Propanediol utilization protein PduA
F: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

D: Propanediol utilization protein PduA
E: Propanediol utilization protein PduA
F: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7518
ポリマ－61,5596
非ポリマー1922
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area10650 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.500, 49.660, 92.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-101-

SO4

-
要素

#1: タンパク質
Propanediol utilization protein PduA


分子量: 10259.764 Da / 分子数: 6 / 断片: BMC domain, residues 1-92 / 変異: K27D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus intermedius SK54 = ATCC 27335 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1654_00408 / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pET-24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E2J8H5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.26 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→92.2 Å / Num. obs: 38026 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.574 % / Biso Wilson estimate: 30.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 14.97 / Num. measured all: 249994 / Scaling rejects: 189
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.954.8510.7092.2512085279824910.8430.79489
1.95-26.1330.523.6816315275526600.9460.56896.6
2-2.066.7760.4185.0818200269926860.9610.45399.5
2.06-2.126.760.3466.1217663262126130.9630.37599.7
2.12-2.196.5620.2946.9216588253525280.9680.3299.7
2.19-2.276.8620.2627.9616804245624490.9750.28499.7
2.27-2.366.890.2059.7316239237123570.9850.22299.4
2.36-2.456.6750.15811.6715079227722590.9910.17199.2
2.45-2.566.3260.1412.2113741220921720.9910.15398.3
2.56-2.697.0760.1214.9114584206420610.9950.12999.9
2.69-2.837.0420.1021713999199719880.9960.1199.5
2.83-36.8150.08319.2412785187818760.9960.0999.9
3-3.216.9280.06723.3712270178117710.9970.07399.4
3.21-3.476.5750.05827.2410947167116650.9970.06399.6
3.47-3.86.160.04829.99240152415000.9980.05398.4
3.8-4.257.0410.04236.099815139813940.9980.04699.7
4.25-4.916.8380.0436.658411123912300.9980.04499.3
4.91-6.016.8320.04235.387051103710320.9980.04599.5
6.01-8.56.2620.04236.0951728318260.9990.04699.4
8.5-92.26.4230.0437.3230064684680.9990.043100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å92.2 Å
Translation1.9 Å92.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AXJ

4axj


解像度: 1.9→92.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Blow DPI: 0.141 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.142
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2356 3803 10 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.2144 38026 98.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 77.9 Å2 / Biso mean: 33.41 Å2 / Biso min: 20.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6262 Å20 Å22.1379 Å2
2---6.5185 Å20 Å2
3---1.8922 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→92.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3607 0 20 171 3798
Biso mean--51.23 39.93 -
残基数----522
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1206SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes623HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3653HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion521SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance20HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle7HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3384SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3653HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4974HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3384 76 9.99 %
Rwork0.3258 685 -
all0.3272 761 -
obs--83.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10480.11340.30850.34180.38460.5985-0.02060.02480.02390.040.025-0.0084-0.01610.0378-0.00440.00490.0002-0.019-0.0292-0.0044-0.01713.900713.723921.4338
22.12950.14352.31210.16520.07243.10040.05830.05340.08330.0046-0.01090.0599-0.0398-0.0154-0.0473-0.03530.00260.0129-0.0130.0094-0.0441-16.404814.716313.6133
31.1502-0.314-0.76740.4707-0.04861.925-0.0587-0.1074-0.022-0.0350.05490.0199-0.06690.08970.0038-0.020.0114-0.0221-0.0192-0.0016-0.017-21.312214.3505-6.8089
42.4483-0.36120.92410.226-0.4981.7275-0.0417-0.12440.032-0.03580.04840.0187-0.0841-0.0727-0.0067-0.00320.0111-0.0147-0.0277-0.0033-0.0233-8.4448-11.115924.9374
52.8008-0.25371.10790.2113-0.27082.68940.089-0.15550.2126-0.0643-0.03310.02420.01090.223-0.0558-0.0563-0.00880.02160.0236-0.0276-0.064612.2402-10.403330.7646
62.02710.9306-0.18360.32850.03763.6942-0.09430.2886-0.14660.13320.11480.0066-0.05970.2723-0.0205-0.1053-0.0182-0.00910.1114-0.0313-0.08617.6657-10.974752.0077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A4 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B5 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C-3 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D4 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E4 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F5 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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