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- PDB-7lsg: Crystal structure of the human neutralizing antibody Fab fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lsg
タイトルCrystal structure of the human neutralizing antibody Fab fragment T025 bound to TBEV EDIII (Siberian Subtype)
要素
  • Core proteinカプシド
  • T025 Fab Heavy Chain
  • T025 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / Tick-borne encephalitis virus / antibody (抗体) / EDIII / TBEV / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity ...フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. ...Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Keeffe, J.R. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2021
タイトル: Broad and potent neutralizing human antibodies to tick-borne flaviviruses protect mice from disease.
著者: Agudelo, M. / Palus, M. / Keeffe, J.R. / Bianchini, F. / Svoboda, P. / Salat, J. / Peace, A. / Gazumyan, A. / Cipolla, M. / Kapoor, T. / Guidetti, F. / Yao, K.H. / Elsterova, J. / Teislerova, ...著者: Agudelo, M. / Palus, M. / Keeffe, J.R. / Bianchini, F. / Svoboda, P. / Salat, J. / Peace, A. / Gazumyan, A. / Cipolla, M. / Kapoor, T. / Guidetti, F. / Yao, K.H. / Elsterova, J. / Teislerova, D. / Chrdle, A. / Honig, V. / Oliveira, T. / West, A.P. / Lee, Y.E. / Rice, C.M. / MacDonald, M.R. / Bjorkman, P.J. / Ruzek, D. / Robbiani, D.F. / Nussenzweig, M.C.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: T025 Fab Heavy Chain
L: T025 Fab Light Chain
C: Core protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9383
ポリマ－58,9383
非ポリマー00
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area23790 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.439, 67.230, 91.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 T025 Fab Heavy Chain


分子量: 24834.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 T025 Fab Light Chain


分子量: 23424.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Core protein / カプシド / Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 ...Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Genome polyprotein / Matrix protein / Non-structural protein 1 / Non-structural protein 2A / Non-structural protein 2B / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4A / Non-structural protein 4B / Peptide 2k / Peptide pr / Protein prM / RNA-directed RNA polymerase NS5 / Serine protease NS3 / Serine protease subunit NS2B / Small envelope protein M


分子量: 10678.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)
株: Vasilchenko / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G8FGD9, フラビビリン, nucleoside-triphosphate phosphatase, ヘリカーゼ
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5% (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→90.84 Å / Num. obs: 53401 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 28.78 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 320468 / Scaling rejects: 533
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.86-1.9161.0912106235280.7220.4831.1971.698.1
8.94-90.846.20.07932455260.9940.0330.08618.594.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OGX, 6J5F

4ogx

6j5f


解像度: 1.86→49.06 Å / SU ML: 0.2122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.2263
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 2530 4.74 %
Rwork0.1867 50823 -
obs0.188 53353 95.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3976 0 0 325 4301
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01724081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43565562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0895622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.49961460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.90.30111510.2812859X-RAY DIFFRACTION97.89
1.9-1.940.2821300.27782889X-RAY DIFFRACTION97.23
1.94-1.980.27351430.24582865X-RAY DIFFRACTION96.6
1.98-2.030.26531270.23132810X-RAY DIFFRACTION95.89
2.03-2.080.26951390.22232718X-RAY DIFFRACTION93.06
2.08-2.130.24091350.21012615X-RAY DIFFRACTION89.17
2.13-2.20.22651460.20482883X-RAY DIFFRACTION97.87
2.2-2.270.2371430.20692873X-RAY DIFFRACTION97.76
2.27-2.350.25291430.20572873X-RAY DIFFRACTION97.07
2.35-2.440.251060.20312831X-RAY DIFFRACTION95.7
2.44-2.550.24731260.20842710X-RAY DIFFRACTION91.16
2.55-2.690.22841410.19762802X-RAY DIFFRACTION94.87
2.69-2.860.20691450.19812904X-RAY DIFFRACTION98.48
2.86-3.080.21951510.1922882X-RAY DIFFRACTION96.99
3.08-3.390.21031490.17932687X-RAY DIFFRACTION91.28
3.39-3.880.18331470.15862896X-RAY DIFFRACTION98.13
3.88-4.880.1561420.1452818X-RAY DIFFRACTION94.12
4.88-49.060.21481660.18242908X-RAY DIFFRACTION95.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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