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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lhz | ||||||
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タイトル | K. pneumoniae Topoisomerase IV (ParE-ParC) in complex with DNA and (3S)-10-[(3R)-3-(1-aminocyclopropyl)pyrrolidin-1-yl]-9-fluoro-3-methyl-5-oxo-2,3-dihydro-5H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid (compound 25) | ||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE/DNA/INHIBITOR / Gyrase (DNAジャイレース) / DNA topoisomerase (DNAトポイソメラーゼ) / ParC / ParE / ISOMERASE-DNA-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / 染色体 / DNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Noeske, J. / Shu, W. / Bellamacina, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Discovery and Optimization of DNA Gyrase and Topoisomerase IV Inhibitors with Potent Activity against Fluoroquinolone-Resistant Gram-Positive Bacteria. 著者: Lapointe, G. / Skepper, C.K. / Holder, L.M. / Armstrong, D. / Bellamacina, C. / Blais, J. / Bussiere, D. / Bian, J. / Cepura, C. / Chan, H. / Dean, C.R. / De Pascale, G. / Dhumale, B. / ...著者: Lapointe, G. / Skepper, C.K. / Holder, L.M. / Armstrong, D. / Bellamacina, C. / Blais, J. / Bussiere, D. / Bian, J. / Cepura, C. / Chan, H. / Dean, C.R. / De Pascale, G. / Dhumale, B. / Fisher, L.M. / Fulsunder, M. / Kantariya, B. / Kim, J. / King, S. / Kossy, L. / Kulkarni, U. / Lakshman, J. / Leeds, J.A. / Ling, X. / Lvov, A. / Ma, S. / Malekar, S. / McKenney, D. / Mergo, W. / Metzger, L. / Mhaske, K. / Moser, H.E. / Mostafavi, M. / Namballa, S. / Noeske, J. / Osborne, C. / Patel, A. / Patel, D. / Patel, T. / Piechon, P. / Polyakov, V. / Prajapati, K. / Prosen, K.R. / Reck, F. / Richie, D.L. / Sanderson, M.R. / Satasia, S. / Savani, B. / Selvarajah, J. / Sethuraman, V. / Shu, W. / Tashiro, K. / Thompson, K.V. / Vaarla, K. / Vala, L. / Veselkov, D.A. / Vo, J. / Vora, B. / Wagner, T. / Wedel, L. / Williams, S.L. / Yendluri, S. / Yue, Q. / Yifru, A. / Zhang, Y. / Rivkin, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lhz.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lhz.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lhz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/7lhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/7lhz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5eixS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 CDAB
#1: タンパク質 | 分子量: 84199.500 Da / 分子数: 4 断片: UNP residues 390-631 (parE) + UNP residues 1-490 (parC) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌) 株: 342 / 遺伝子: parE, NCTC5052_03997, parC, SAMEA4873570_03328 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A377Y395, UniProt: A0A486EJ79, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) |
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-DNA鎖 , 2種, 8分子 PJHEKIGF
#2: DNA鎖 | 分子量: 3354.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌) #3: DNA鎖 | 分子量: 4586.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Klebsiella pneumoniae 342 (肺炎桿菌) |
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-非ポリマー , 4種, 14分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-Y21 / ( #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.45 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 20% MPD, 10 mM magnesium chloride, 0.5 mM spermine, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月9日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.3→54.91 Å / Num. obs: 63836 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Net I/σ(I): 3.3 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5EIX 解像度: 3.3→46.92 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.9 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 222.3 Å2 / Biso mean: 83.2138 Å2 / Biso min: 18.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.3→46.92 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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