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Yorodumi- PDB-4kpe: Novel fluoroquinolones in complex with topoisomerase IV from S. p... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kpe | ||||||
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Title | Novel fluoroquinolones in complex with topoisomerase IV from S. pneumoniae and E-site G-gate | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE/DNA/INHIBITOR / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / ISOMERASE-DNA-INHIBITOR COMPLEX / TOPOISOMERASE IIA / Quinolone / ACHN-245 | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.43 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Vesekov, D.A. / Cirz, R.T. / Wagman, A.S. / Moser, H.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Citation | Journal: Open Biol / Year: 2016 Title: Exploring the active site of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-DNA cleavage complex with novel 7,8-bridged fluoroquinolones. Authors: Laponogov, I. / Pan, X.S. / Veselkov, D.A. / Cirz, R.T. / Wagman, A. / Moser, H.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kpe.cif.gz | 579.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kpe.ent.gz | 487 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kpe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/4kpe | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ParC55, UNP residues 1-488 / Mutation: I257T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: parC, SP_0855 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P72525, EC: 5.99.1.3 #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ParE30, UNP residues 404-647 / Mutation: V460I, T644A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (bacteria) Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: parE / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q59961, EC: 5.99.1.3 |
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-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
#3: DNA chain | Mass: 2121.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#4: DNA chain | Mass: 3348.209 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#5: DNA chain | Mass: 2113.410 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#6: DNA chain | Mass: 3358.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 32 molecules
#7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 70.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50 mM Na Cacodylate, 4-7% isopropanol, optimized mixture of salts, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 6, 2011 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.43→41.819 Å / Num. all: 41232 / Num. obs: 40043 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.16 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 14.38 |
Reflection shell | Resolution: 3.43→3.52 Å / Redundancy: 5.22 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 6.37 / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.43→41.819 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / Phase error: 18.46 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.43→41.819 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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