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Yorodumi- PDB-3fof: Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of typ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fof | ||||||
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Title | Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE/DNA / quinolone / topoisomerase / DNA / protein-DNA cleavage complex / Streptococcus pneumoniae / moxifloxacin / Cell membrane / DNA-binding / Isomerase / Membrane / ATP-binding / Nucleotide-binding / ISOMERASE-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 4 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Sohi, M.K. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Sawhney, R. / Thompson, A.W. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2009 Title: Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases Authors: Laponogov, I. / Sohi, M.K. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Sawhney, R. / Thompson, A.W. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3fof.cif.gz | 498.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3fof.ent.gz | 387.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3fof.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fof | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3foeC 2novS 2rgrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Gene: parC, SP_0855 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P72525, EC: 5.99.1.- #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 404-647 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Gene: parE, SP_0852 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q59961, EC: 5.99.1.- |
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-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
#3: DNA chain | Mass: 4602.024 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA / References: PDB-3FOE |
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#4: DNA chain | Mass: 5810.770 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA / References: PDB-3FOE |
#5: DNA chain | Mass: 4565.968 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA / References: PDB-3FOE |
#6: DNA chain | Mass: 5846.827 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA / References: PDB-3FOE |
-Non-polymers , 1 types, 2 molecules FH
#7: Chemical | ChemComp-MFX / |
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-Details
Sequence details | FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES 1 AND 4 OF PARC_STRPN, ...FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.92 Å3/Da / Density % sol: 68.63 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50mM Na cacodylate, 100mM Ammonium acetate, 15mM Magnesium acetate, 7.5% isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→34.067 Å / Num. obs: 44580 / Biso Wilson estimate: 178.14 Å2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRIES 2NOV and 2RGR Resolution: 4→34.066 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.6 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 28.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 150.002 Å2 / ksol: 0.185 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 638.86 Å2 / Biso mean: 198.798 Å2 / Biso min: 44.54 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4→34.066 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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