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- PDB-7ldv: Zoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y/Y218E/delH221/S227K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ldv
タイトルZoogloea ramigera biosynthetic thiolase Q183Y/Y218E/delH221/S227K mutant
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / acetyl-CoA C-acetyltransferase (アセチルCoA C-アセチルトランスフェラーゼ) / acetoacetyl-CoA thiolase (チオラーゼ) / type II thiolase / biosynthetic thiolase / potassium activation
機能・相同性
機能・相同性情報


poly-hydroxybutyrate biosynthetic process / アセチルCoA C-アセチルトランスフェラーゼ / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / チオラーゼ / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal ...Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / チオラーゼ / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
補酵素A / アンモニウム / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zoogloea ramigera (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Engineering potassium activation into biosynthetic thiolase.
著者: Marshall, A.C. / Bruning, J.B.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
C: Acetyl-CoA acetyltransferase
D: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,10928
ポリマ－165,7934
非ポリマー4,31624
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21240 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area49140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.764, 78.965, 152.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 137 or (resid 138...
21(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...
31(chain C and (resid 3 through 39 or (resid 40...
41(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPHEPHE(chain A and (resid 3 through 137 or (resid 138...AA3 - 13710 - 144
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 137 or (resid 138...AA138145
13PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 137 or (resid 138...AA3 - 39110 - 398
14PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 137 or (resid 138...AA3 - 39110 - 398
15PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 137 or (resid 138...AA3 - 39110 - 398
16PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 137 or (resid 138...AA3 - 39110 - 398
17PROPROLEULEU(chain A and (resid 3 through 137 or (resid 138...AA3 - 39110 - 398
21PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 3910 - 46
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB4047
23PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 39110 - 398
24PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 39110 - 398
25PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 39110 - 398
26PROPROLEULEU(chain B and (resid 3 through 39 or (resid 40...BB3 - 39110 - 398
31PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 39 or (resid 40...CC3 - 3910 - 46
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 3 through 39 or (resid 40...CC4047
33PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 39 or (resid 40...CC3 - 39110 - 398
34PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 39 or (resid 40...CC3 - 39110 - 398
35PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 39 or (resid 40...CC3 - 39110 - 398
36PROPROLEULEU(chain C and (resid 3 through 39 or (resid 40...CC3 - 39110 - 398
41PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 3910 - 46
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD4047
43PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
44PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
45PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
46PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398
47PROPROLEULEU(chain D and (resid 3 through 39 or (resid 40...DD3 - 39110 - 398

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Acetyl-CoA acetyltransferase / Acetoacetyl-CoA thiolase / Beta-ketothiolase


分子量: 41448.258 Da / 分子数: 4 / 変異: Q183Y, Y218E, S227K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoogloea ramigera (バクテリア) / 遺伝子: phaA, phbA / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P07097, アセチルCoA C-アセチルトランスフェラーゼ

-
非ポリマー , 5種, 415分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.02 % / Mosaicity: 0.15 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 1.17 M (NH4)2SO4, 0.78 M Li2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 1 mM NaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月14日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.231 Å / Num. obs: 44890 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.924 / Rmerge(I) obs: 0.451 / Rpim(I) all: 0.235 / Rrim(I) all: 0.51 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.9-3.014.62.00446960.2751.032.261100
10.85-47.2314.30.1089030.9870.0560.12298.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.86 Å47.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qfl

1qfl


解像度: 2.9→47.231 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 2261 5.04 %
Rwork0.1963 42601 -
obs0.1982 44862 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.87 Å2 / Biso mean: 44.74 Å2 / Biso min: 2.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→47.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11185 0 252 391 11828
Biso mean--72.33 30.84 -
残基数----1556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5415702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8096836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032056
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6968X-RAY DIFFRACTION7.312TORSIONAL
12B6968X-RAY DIFFRACTION7.312TORSIONAL
13C6968X-RAY DIFFRACTION7.312TORSIONAL
14D6968X-RAY DIFFRACTION7.312TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9-2.96310.32821360.28862663100
2.9631-3.0320.32581150.28072689100
3.032-3.10780.34971420.28182606100
3.1078-3.19180.29211350.27892638100
3.1918-3.28570.35081370.24792693100
3.2857-3.39170.27211690.22852609100
3.3917-3.51290.2781500.21822637100
3.5129-3.65350.25171630.2062261599
3.6535-3.81970.26441340.2004263899
3.8197-4.0210.21481640.1764263699
4.021-4.27280.18911420.15362645100
4.2728-4.60240.16021350.13472674100
4.6024-5.06510.17351150.14492696100
5.0651-5.79690.19991420.16962699100
5.7969-7.29910.20571500.18772689100
7.2991-47.2310.18871320.18432774100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3165-0.9542-0.15551.9878-1.5115.8702-0.0141-0.1707-0.01880.0306-0.0226-0.3334-0.22670.55220.0490.1429-0.00980.02770.2197-0.05010.404137.7577-1.8315.8084
21.66350.1253-0.74650.872-0.30611.0308-0.0761-0.0233-0.15770.13290.0445-0.04570.10390.00550.01680.20050.0101-0.02920.1917-0.02070.253923.1519-5.314612.9477
36.60793.3254-5.55652.8875-3.17125.7298-0.0083-0.2251-0.08350.02590.0657-0.1944-0.2627-0.15150.02940.3180.07340.07020.2218-0.0520.353336.8274-28.822711.956
46.50330.0323-1.37452.1756.73597.71130.3456-0.4894-0.12971.03470.6271-1.310.40040.5681-0.96970.47410.0542-0.06040.39190.04540.292947.203-8.349112.5978
54.87832.6352-3.87641.4525-2.09723.075-0.0571-0.5273-0.12350.4091-0.2017-0.3958-0.3490.45070.25480.32960.0054-0.05910.41410.04140.50937.3096-26.202519.9096
62.07650.9737-0.47462.6525-1.22413.46190.0110.13560.0638-0.19680.08910.32710.2874-0.2422-0.08810.1850.0686-0.00070.0853-0.04650.30427.4036-13.82730.2416
73.05970.451-2.74431.6298-2.10166.8651-0.0989-0.1513-0.5518-0.2611-0.00020.2509-0.2763-0.04980.05810.4440.0602-0.0380.26150.03830.282327.3763-24.5604-0.8426
84.1873-0.1070.40465.1037-0.71580.6065-0.02330.0257-0.0565-0.0428-0.0579-0.69430.01560.15170.09890.2214-0.0151-0.02850.26380.01350.217433.1428-17.5936-0.1238
92.7224-1.56320.71563.78110.72071.05540.0676-0.006-0.02180.10830.02860.11620.0445-0.095-0.11420.1527-0.0080.02240.24080.04440.2269.30340.21415.6253
101.62180.02670.44861.5740.01590.7153-0.1184-0.21670.12330.12260.0613-0.1268-0.16180.00210.05340.25490.04010.00840.2618-0.02660.309218.673114.961416.6108
112.168-2.17693.27887.8911-1.64463.6005-0.0301-0.43520.02470.44760.48190.52860.1396-0.3251-0.39370.18610.03710.01820.4949-0.02330.3174-4.89958.277912.9819
121.5084-0.17730.74042.39840.79842.8524-0.0521-0.07440.27830.05470.02220.1386-0.2366-0.05440.02610.18170.01090.01460.18690.01410.352711.831118.55022.4428
134.8597-0.0036-3.06052.9444-0.68748.3963-0.1205-0.1509-0.9311-0.0845-0.19640.20370.48770.11610.31490.26250.0508-0.03050.21410.01910.341130.5671-14.035463.701
140.84910.36730.40051.82080.06681.0181-0.02990.03430.0175-0.005-0.0199-0.1265-0.1081-0.16270.06920.23570.0368-0.00460.2831-0.0220.246427.2940.727456.6216
151.71070.18490.81938.4712-5.32824.54990.1087-0.32740.4839-0.341-0.1296-0.87220.14260.36650.0730.21730.03180.01540.5773-0.03930.533854.4601-1.02557.2287
168.93571.1591-3.99575.0015-2.34564.67370.36270.8544-0.91990.4338-0.0197-0.02941.1530.0545-0.43960.39270.119-0.07740.3095-0.02620.354339.9749-19.756955.4658
171.58473.8459-2.18919.1271-5.36873.06410.00010.1575-0.3445-0.325-0.3006-0.98240.0304-0.22140.20690.35940.0708-0.01820.58520.02780.618752.2501-2.624249.3862
182.14761.2683-0.92344.9317-2.39963.71090.0378-0.00910.13820.2767-0.0469-0.1517-0.36870.07760.00370.16210.0322-0.07860.2175-0.03480.286437.13620.80468.6691
192.38042.6814-1.42173.2004-1.03933.6747-0.0528-0.11650.0554-0.237-0.2306-0.35970.13440.24250.27120.33690.0847-0.0160.28930.03230.367745.8433-0.679468.2927
208.7365-3.78253.65887.0161-0.44917.9151-0.3934-0.5557-0.0907-0.02570.0467-0.95270.3194-0.07160.41390.19540.01560.06720.19870.02980.411239.39670.36273.2104
213.72811.31351.24522.51361.4997.5260.03440.03670.5621-0.143-0.3610.1033-0.5335-0.0350.32430.2530.08270.01120.23810.010.388412.584414.190964.1207
221.02270.07820.31931.99110.51381.770.0069-0.0989-0.0389-0.0387-0.13260.5050.0136-0.28080.08270.22840.0188-0.00690.32130.02120.363311.5438-0.27257.1143
238.09842.7125-3.40717.45183.08969.49760.28580.65251.03830.01860.08050.0049-1.3579-0.4087-0.40190.47190.1089-0.08060.31430.10130.67252.601819.791857.3216
243.16840.30820.43221.60570.30232.5633-0.0163-0.0971-0.0205-0.0024-0.08260.44370.0969-0.61170.06710.2934-0.01390.07240.4062-0.03130.49320.44720.354466.6635
258.4281-3.2405-3.30269.02741.08228.93210.0468-0.68920.99250.27820.3940.209-0.2622-0.2294-0.32460.20540.00850.01320.3572-0.0270.39834.0444-0.145973.9752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 55 )A3 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 171 )A56 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 191 )A172 - 191
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 192 through 213 )A192 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 214 through 233 )A214 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 234 through 302 )A234 - 302
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 303 through 329 )A303 - 329
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 330 through 391 )A330 - 391
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 3 through 104 )B3 - 104
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 105 through 191 )B105 - 191
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 192 through 213 )B192 - 213
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 214 through 391 )B214 - 391
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 3 through 55 )C3 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 56 through 171 )C56 - 171
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 172 through 191 )C172 - 191
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 192 through 213 )C192 - 213
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 214 through 233 )C214 - 233
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 234 through 302 )C234 - 302
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 303 through 367 )C303 - 367
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 368 through 391 )C368 - 391
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 3 through 55 )D3 - 55
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 56 through 191 )D56 - 191
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 192 through 213 )D192 - 213
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 214 through 367 )D214 - 367
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 368 through 391 )D368 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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