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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l3d | ||||||
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タイトル | T4 Lysozyme L99A - 3-iodotoluene - RT | ||||||
要素 | EndolysinLysin | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / RT / 3-iodotoluene / L99A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Fischer, M. / Bradford, S.Y.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021 タイトル: Temperature artifacts in protein structures bias ligand-binding predictions. 著者: Bradford, S.Y.C. / El Khoury, L. / Ge, Y. / Osato, M. / Mobley, D.L. / Fischer, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7l3d.cif.gz | 89.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7l3d.ent.gz | 66.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7l3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7l37C 7l38C 7l39C 7l3aC 7l3bC 7l3cC 7l3eC 7l3fC 7l3gC 7l3hC 7l3iC 7l3jC 7l3kC 4w51S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18620.387 Da / 分子数: 1 / 変異: R12G/I137R/L99A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム |
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-非ポリマー , 5種, 103分子
#2: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-XQJ / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystals were grown from a 10 mg/mL frozen protein solution by the hanging drop method at 291-293K, with a 1:1 drop ratio of protein to solution and over a well solution of 0.1 M Tris- ...詳細: Crystals were grown from a 10 mg/mL frozen protein solution by the hanging drop method at 291-293K, with a 1:1 drop ratio of protein to solution and over a well solution of 0.1 M Tris-hydrochloride (pH 8), 20%-26% (w/v) PEG 4000, 70-170 mM lithium citrate, 8%-18% 2-propanol, 50 mM 2-mercaptoethanol, and 50 mM 2-hydroxyethyl disulfide Temp details: 291-293 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K / Ambient temp details: RT / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月15日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.35→52.94 Å / Num. obs: 46564 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.1 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4w51 解像度: 1.35→46.552 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.73 Å2 / Biso mean: 21.7656 Å2 / Biso min: 11.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→46.552 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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