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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qs5 | ||||||
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タイトル | THE INTRODUCTION OF STRAIN AND ITS EFFECTS ON THE STRUCTURE AND STABILITY OF T4 LYSOZYME | ||||||
要素 | LYSOZYMEリゾチーム | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / STRAIN / STABILITY / MUTANT (ミュータント (人類)) / T4 LYSOZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, R. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme. 著者: Liu, R. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qs5.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qs5.ent.gz | 33.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qs5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/1qs5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18443.184 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, A98L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / プラスミド: M13 PHS1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, リゾチーム | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HED / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: POTASSIUM PHOSPHATE, SODIUM PHOSPHATE, BME, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: seeding / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30.5 Å / Num. all: 8413 / Num. obs: 7507 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.86 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 6.039 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.76 Å / 冗長度: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / % possible all: 69.97 |
反射 | *PLUS % possible obs: 78 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 70 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→25 Å / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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