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万見
- PDB-7kaa: NMR solution structures of tirasemtiv drug bound to a fast skelet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kaa
タイトルNMR solution structures of tirasemtiv drug bound to a fast skeletal troponin C-troponin I complex
要素Troponin C, skeletal muscle,Troponin I, fast skeletal muscle chimeraトロポニンC
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Activator
機能・相同性
機能・相同性情報


relaxation of skeletal muscle / troponin T binding / トロポニン / regulation of muscle contraction / muscle filament sliding / Striated Muscle Contraction / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / actin filament binding ...relaxation of skeletal muscle / troponin T binding / トロポニン / regulation of muscle contraction / muscle filament sliding / Striated Muscle Contraction / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / actin binding / calcium ion binding / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
トロポニン / Troponin domain superfamily / トロポニン / EF-hand domain pair / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-W97 / Troponin C, skeletal muscle / Troponin I, fast skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mercier, P. / Li, M.X. / Hartman, J.J. / Sykes, B.D.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)37769 カナダ
American Heart AssociationG-14-0005884 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Tirasemtiv Activation of Fast Skeletal Muscle.
著者: Li, M.X. / Mercier, P. / Hartman, J.J. / Sykes, B.D.
履歴
登録2020年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_audit_support.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Troponin C, skeletal muscle,Troponin I, fast skeletal muscle chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3673
ポリマ－17,0971
非ポリマー2702
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Troponin C, skeletal muscle,Troponin I, fast skeletal muscle chimera / トロポニンC / Troponin I / fast-twitch isoform


分子量: 17096.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC2, TNNI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02585, UniProt: P48788
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-W97 / 6-ethynyl-1-(pentan-3-yl)-1H-imidazo[4,5-b]pyrazin-2-ol / チラセムティブ


分子量: 230.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H14N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC NH2 only
121isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
131isotropic23D CBCA(CO)NH
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D C(CO)NH
161isotropic23D H(CCO)NH
171isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
181isotropic13D 1H-15N NOESY aliphatic
191isotropic23D 1H-13C NOESY CNfiltered
1101isotropic22D 1H-15N HSQC CNfiltered

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] TroponinC-Troponin I chimera, 10 mM Imidazole, 100 mM KCl, 90% H2O/10% D2O
詳細: 100 mM KCl, 10 mM Imidazole, plus 50 uL 4.96 mM d6-DSS in D2O, 5 uL 1M CaCl2, and 10 uL 1M DTT, pH 6.7
Label: TnC-TnI-tirasemtiv / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTroponinC-Troponin I chimera[U-13C; U-15N]1
10 mMImidazolenatural abundance1
100 mMKClnatural abundance1
試料状態詳細: dissolved in NMR buffer (100 mM KCl, 10 mM Imidazole), plus 50 uL 4.96 mM d6-DSS in D2O, 5 uL 1M CaCl2, and 10 uL 1M DTT, pH 6.7
イオン強度: 200 mM / Label: cond1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ3.2Variancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJJohnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7 / 詳細: water refinement
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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