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Yorodumi- PDB-7k4x: Crystal structure of Kemp Eliminase HG3.7 in complex with the tra... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k4x | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Kemp Eliminase HG3.7 in complex with the transition state analog 6-nitrobenzotriazole | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components | Endo-1,4-beta-xylanaseXylanase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / kemp elimination / directed evolution / transition state analog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | Thermoascus aurantiacus (fungus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Padua, R.A.P. / Otten, R. / Bunzel, A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | United States, Switzerland, 11items
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Citation | Journal: Science / Year: 2020 Title: How directed evolution reshapes the energy landscape in an enzyme to boost catalysis. Authors: Otten, R. / Padua, R.A.P. / Bunzel, H.A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7k4x.cif.gz | 432.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7k4x.ent.gz | 294.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7k4x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4x | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7k4pC 7k4qC 7k4rC 7k4sC 7k4tC 7k4uC 7k4vC 7k4wC 7k4yC 7k4zC 4bs0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33309.480 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoascus aurantiacus (fungus) / Gene: XYNA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM sodium acetate trihydrate, pH 4.6, and 2 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 0.8855 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 11, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8855 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→41.11 Å / Num. obs: 75249 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 17.94 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.93 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 7438 / CC1/2: 0.428 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4bs0 Resolution: 1.6→41.11 Å / SU ML: 0.2647 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.6477 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→41.11 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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