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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k4r | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Kemp Eliminase HG3 K50Q | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Endo-1,4-beta-xylanase![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Padua, R.A.P. / Otten, R. / Bunzel, A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: How directed evolution reshapes the energy landscape in an enzyme to boost catalysis. Authors: Otten, R. / Padua, R.A.P. / Bunzel, H.A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 238.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 157.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7k4pC ![]() 7k4qC ![]() 7k4sC ![]() 7k4tC ![]() 7k4uC ![]() 7k4vC ![]() 7k4wC ![]() 7k4xC ![]() 7k4yC ![]() 7k4zC ![]() 4bs0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 33199.301 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: K50Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 32.03 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2 M ammonium sulfate and 5% isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 19, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.57→37.85 Å / Num. obs: 34365 / % possible obs: 99.96 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 13.72 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 7.82 |
Reflection shell | Resolution: 1.57→1.626 Å / Num. unique obs: 3369 / CC1/2: 0.322 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 4bs0 Resolution: 1.57→37.85 Å / SU ML: 0.1787 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.9016 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.57→37.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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