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- PDB-7k09: Puromycin N-acetyltransferase in complex with acetyl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k09
タイトルPuromycin N-acetyltransferase in complex with acetyl-CoA
要素Puromycin N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Enzyme acetyletransferase complex selection marker / ANTIBIOTIC (抗生物質)
機能・相同性転移酵素; アシル基を移すもの / Acetyltransferase (GNAT) family / acetyltransferase activity / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / response to antibiotic / ACETYL COENZYME *A / Puromycin N-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces alboniger (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.313 Å
データ登録者Caputo, A.T. / Newman, J. / Adams, T.E. / Peat, T.S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structure-guided selection of puromycin N-acetyltransferase mutants with enhanced selection stringency for deriving mammalian cell lines expressing recombinant proteins.
著者: Caputo, A.T. / Eder, O.M. / Bereznakova, H. / Pothuis, H. / Ardevol, A. / Newman, J. / Nuttall, S. / Peat, T.S. / Adams, T.E.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Puromycin N-acetyltransferase
B: Puromycin N-acetyltransferase
C: Puromycin N-acetyltransferase
D: Puromycin N-acetyltransferase
E: Puromycin N-acetyltransferase
F: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,34612
ポリマ－135,4896
非ポリマー4,8576
水43224
1
A: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3912
ポリマ－22,5811
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3912
ポリマ－22,5811
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3912
ポリマ－22,5811
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3912
ポリマ－22,5811
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3912
ポリマ－22,5811
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3912
ポリマ－22,5811
非ポリマー8101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.074, 73.63, 106.242
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Puromycin N-acetyltransferase


分子量: 22581.490 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces alboniger (バクテリア)
遺伝子: pac / プラスミド: pET43 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P13249, 転移酵素; アシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) / アセチルCoA


分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 % / 解説: small 20 um chunks
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 10% v/v DL-malate-MES-Tris pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.361→106.242 Å / Num. obs: 27792 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 16.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.502 / Rpim(I) all: 0.125 / Rrim(I) all: 0.517 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.361→2.589 Å / 冗長度: 15.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1192 / CC1/2: 0.504 / Rpim(I) all: 0.795 / % possible all: 67

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QEC

2qec


解像度: 2.313→106.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 1346 -RANDOM
Rwork0.2363 ---
obs0.2371 27849 53.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6727 Å20 Å20 Å2
2---2.5916 Å20 Å2
3---1.919 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.313→106.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8829 0 306 24 9159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0118355HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0633262HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5401SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2956HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9369HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1219SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12558SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.81
LS精密化 シェル解像度: 2.361→2.5 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 29 -
Rwork0.2346 --
obs--5.24 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6569-0.3143-0.12050-0.5910.36250.0010.00460.00590.0046-0.00490.00460.00590.00460.004-0.00810.0022-0.01720.01080.019-0.010515.525218.940834.4616
20.22920.2049-0.039800.04880.2782-0.0005-0.00840.0066-0.0084-0.000500.006600.001-0.0072-0.02160.00210.0041-0.019-0.000314.543217.251970.4481
30.2635-0.07850.06240.1495-0.40730.0652-0.00070.00670.01280.00670.00650.0010.01280.001-0.0058-0.0020.0006-0.0091-0.01480.00810.018513.265217.4322-0.1655
40.3973-0.16650.20420.05260.13910.5485-0.00110.00140.00330.00140.00070.00330.00330.00330.0004-0.01460.0191-0.01260.00830.0016-0.01150.474213.766838.6051
50.47940.25290.04740-0.16290.45590.00060.00430.00320.00430.00060.0080.00320.008-0.0013-0.0065-0.02260.00040.0109-0.0044-0.01624.0995-22.045531.5296
60.122-0.19830.01470.3927-0.16520-0.00050.0054-0.0130.00540.0007-0.0057-0.013-0.0057-0.00020.00990.0141-0.0221-0.01460.00720.009849.127812.62643.4332
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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