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- PDB-7f65: Bacetrial Cocaine Esterase with mutations T172R/G173Q/V116K/S117A... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7f65 | ||||||
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Title | Bacetrial Cocaine Esterase with mutations T172R/G173Q/V116K/S117A/A51L, bound to benzoic acid | ||||||
![]() | Cocaine esterase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ouyang, P.F. / Zhang, Y. / Tong, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Computational Design and Crystal Structure of a Highly Efficient Benzoylecgonine Hydrolase. Authors: Chen, X. / Deng, X. / Zhang, Y. / Wu, Y. / Yang, K. / Li, Q. / Wang, J. / Yao, W. / Tong, J. / Xie, T. / Hou, S. / Yao, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 235.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 187.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1ju4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 62366.648 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Cocaine esterase / Mutation: T172R/G173Q/V116K/S117A/A51L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: MB1 Bresler / Gene: cocE / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-BEZ / ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.25 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: evaporation / pH: 6.5 / Details: 0.1 M MES pH 6.5, 1.75 M AMS, 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 4, 2021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 38298 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 33.7 % / Biso Wilson estimate: 24.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.316 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.321 / Χ2: 0.493 / Net I/σ(I): 1.9 / Num. measured all: 1290075 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1JU4 Resolution: 2.202→24.083 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.24 Å2 / Biso mean: 14.6818 Å2 / Biso min: 9.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.202→24.083 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 37.0389 Å / Origin y: 26.789 Å / Origin z: -0.2906 Å
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Refinement TLS group |
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